九座寺位於福建省仙遊縣鳳山鄉，距縣城43公裏，有大路直達寺門。寺處九座山，故名九座寺。唐朝智廣上人創建鹹通六年（865年）。智廣上人系仙遊縣度尾鎮人，鹹通十年（869年）奉詔進京，參加唐懿宗迎奉佛骨盛典，敕封本寺為“九座山太平禪院”，並欽命智廣禪師為太平禪院方丈。智廣禪師圓寂於光啟二年（886年），謚正覺禪師，荼毗後，獲舍利四千余粒，晶瑩似冰雪。宋元祐六年（1091年）加封慈應禪師，隆興元年（1163年）又加封普濟禪師。禪師的舍利壹半為泉州、建州二太守請去供養，壹半塔葬於溪西雙峰之下，宋崇寧年間敕封“無塵塔”。1996年，該塔定為省級文物保護單位。
宋朝仙遊縣有“江南佛國”之稱，九座寺又為“江南佛國”之中心，大書家蔡襄曾書“九座山”三個大字，世人所重。該寺計有山門、天王殿、羅漢堂、大雄寶殿、大士堂、藏經閣、鐘樓、鼓樓、祖堂、法堂以及其他叢林所罕有的廳與浴院等二十多座建築群。
九座寺初毀於嘉定八年（1255年），再毀於寶祐三年（1255年）。法本法師率徒募化，重修寺宇，至開慶元年（1259年）恢復舊觀，常住僧人達二百余眾。
以後又時有興廢，至明嘉靖壬午年（1522年）被倭寇焚毀，僧人逃散。萬歷年間意空和尚恢復大殿。後又廢。康熙已亥年（1695年）密祚法師及其徒惠亮法師歷盡艱幸，重興寺宇，鼎盛期間，寺僧多達五百余人。
歷朝以來，九座寺都保存了壹個不同於其他寺院的特點，就是文武兼修。原因如下：智廣上人於唐開成二年（837年）從福州桃枝山前往嵩山少林寺受持戒法，至鄂州，參監官禪師，禪師發問，智廣答曰：“不東不西，是佛菩提；不上不下，真佛不假。”禪師曰：“佛法省要，盡在汝矣。”於是前往少林寺，壹住十余年，不但深悟少林宗旨，而且精通少林武功。回到九座寺之後，代代相傳。乾隆五十壹年（1786年）的《開科禪師語錄.卷壹》載：“祖師雲：東土西天老古錐，說黃道白賺阿誰？少林宗旨誰瞞我，得髓兒孫是可為。祖師、祖師，壹脈長垂直！”寺西十三裏處，有“賊營”和“十八股頭”，海拔均在1300米以上，是當年寺僧練功之所，尚有“拳打臥牛地”等多處古跡。1993年至1996年，中國社會科學院羅照教授和國家體委武術研究中心潘壹經先生十多次上山考證，確定九座寺是南少林武術的發祥地。
九座寺位於風光秀麗的九座山上，怪石嶙峋，奇洞遍布，如石魚群、巨鷹、木魚石、達摩巖、巨象、沙漠臥舟、壹鳴驚人、女媧補天、龜兔賽跑、金蛇入洞等奇觀。
主要文物有唐朝石砌圍墻壹道，底基寬2米，長約80米。祖師殿為唐朝風格，大雄寶殿和大悲殿為明、清風格。這三座殿1986年由印度尼西亞華僧定海法師主持重修，寺西北的龍王廟遺址，尚存壹對石柱，瓜梭形，為北宋遺物。此外尚有海會塔、元庵禪師塔、第二十八代玉堂和尚塔及宋朝橋梁壹座，大鐘壹口，《九座寺山田記》石碑壹塊。
1998年，仙遊縣大齊鎮張德坤居士募資在原址上重建天王殿壹座，並鑄銅佛六尊（約七噸）。
九座寺現任監院覺福法師，77歲，福建省仙遊縣人，1989年出家，師從真亮法師。