大量工農業廢水和生活汙水排入海洋，特別是未經處理直接排入而導致近海、港灣富營養化程度日趨嚴重；
海洋開發、海水養殖業帶來了海洋生態環境和養殖業自身汙染問題；
全球海運業發展導致外來有害赤潮種類的引入；氣候變暖導致赤潮發生。
危害
赤潮發生後，導致海洋食物鏈的局部中斷；有些赤潮生物分泌毒素被海洋食物鏈中的某些生物攝入，會導致中毒甚至死亡。
赤潮破壞海洋生態結構；
赤潮生物的分泌物妨礙海洋魚類、蝦類、貝類的正常呼吸而導致窒息死亡；
含有毒素的赤潮生物被海洋生物攝食後能引起中毒死亡；人類食用含有毒素的海產品也會導致食物中毒；
赤潮生物死亡後屍骸的分解過程中要大量消耗海水中的溶解氧，造成缺氧環境，引起蝦、貝類的大量死亡。