《超級監獄》的大部分情節都發生在壹個所謂的監獄內。該監獄的外部建在壹個巨大的火山內，但其內部卻有著虛幻的結構，其時間與空間都隨著監獄長的異想天開而隨意變換。超級監獄內的犯人數量據劇中人物Jared所說***有超過七萬人，但該劇的創作者曾說過數量有“數十億”.《超級監獄》的每壹集都遵循類似的形式。
每集壹開始壹個名為Jackknife的犯人被暴力監獄裏的機器看守Jailbot逮捕並帶到監獄裏。 其後大多數時候，故事會由監獄長的某個瘋狂的念頭引出，而壹對監獄中的雙胞胎每次都會參與其中，從而使得事件向更瘋狂的方向發展。
故事的每次高潮部分都會及其的血腥暴力，許多犯人都會以十分恐怖的方式死亡，但最後Jackknife都會逃走，然後在下壹集開場中再被抓回來。