7個縣。截至2016年，菏澤市下轄2個區：牡丹區、定陶區，7個縣：曹縣、成武縣、單縣、巨野縣、鄆城縣、鄄城縣、東明縣。
1、巨野縣
是山東省菏澤市下轄縣。地處魯西南大平原腹地，位於菏澤東部，因古有大野澤而得名。總面積1308平方公裏，耕地面積114.9萬畝。境內主要河流有萬福河、洙水河、洙趙新河和鄆巨河。
截止2010年，巨野縣***轄1個經濟技術開發區、15個鎮、2個街道辦事處：巨野經濟技術開發區、大義鎮、章縫鎮、龍堌鎮、柳林鎮、大謝集鎮、麒麟鎮、獨山鎮、核桃園鎮、田莊鎮、田橋鎮、太平鎮、萬豐鎮、董官屯鎮、營裏鎮、陶廟鎮、永豐辦事處、鳳凰辦事處。
2、曹縣
位於山東省西南部，地處魯豫兩省八縣（區）交界處，地理坐標為北緯34°33′～35°03′、東經115°08′～115°53′，屬黃河沖積平原。
北接牡丹區、定陶縣，東鄰成武縣、單縣，南隔黃河故道與河南省商丘市梁園區、民權縣相望，西與河南省蘭考縣、東明縣接壤。古稱曹州，總面積1969平方公裏，轄5個街道辦事處，22鄉鎮；2017年總人口1694064人。
3、成武縣
位於山東省西南部，萬福河南岸，菏澤市東南部，魯、蘇、豫、皖四省交界處，東鄰金鄉縣、單縣與江蘇的豐縣、沛縣，安徽的碭山縣相望，南鄰曹縣與河南的商丘相望，西鄰定陶區與河南的蘭考相望。
截至2013年成武縣2街道、11鎮、1個省級經濟開發區：文亭街道、永昌街道、大田集鎮、天宮廟鎮、汶上集鎮、南魯集鎮、伯樂集鎮、茍村集鎮、白浮圖鎮、孫寺鎮、九女集鎮、黨集鎮、張樓鎮。
4、單縣
地處山東省西南隅、魯豫皖蘇四省結合部，位於東經115°48′～116°24′和北緯34°34′～34°56′，總面積1702平方公裏。東鄰江蘇省豐縣，西和西北與曹縣、成武縣毗連，南隔黃河故道與安徽省碭山縣、河南省商丘縣、虞城縣相望，北依金鄉縣。
截至2016年單縣***轄4個街道、16個鎮、2個鄉：南城街道、北城街道、園藝街道、東城街道、時樓鎮、萊河鎮、郭村鎮、高韋莊鎮、浮崗鎮、黃崗鎮、楊樓鎮、蔡堂鎮、朱集鎮、終興鎮、徐寨鎮、李新莊鎮、謝集鎮、龍王廟鎮、張集鎮、李田樓鎮、高老家鄉、曹莊鄉。
5、鄆城縣
位於山東省西南部，隸屬於中國山東省菏澤市。地處北緯35°19′～35°52′,東經115°40′～116°08′。東鄰梁山縣、嘉祥縣，西接鄄城，南連巨野縣、牡丹區，北隔黃河與河南省臺前縣、範縣相望。總面積1643平方公裏。
鄆城縣轄22個鄉鎮(街道)：鄆州街道、唐塔街道、黃安鎮、楊莊集鎮、侯咽集鎮、武安鎮、郭屯鎮、丁裏長鎮、玉皇廟鎮、程屯鎮、隨官屯鎮、張營鎮、潘渡鎮、雙橋鎮、唐廟鎮、南趙樓鎮、黃泥岡鎮、黃集鄉、李集鄉、張魯集鄉、水堡鄉、陳坡鄉。
6、鄄城
位於東經115°19′至115°43′，北緯35°22′至35°43′，北距首都北京510公裏，東北至省會濟南184公裏，南到行署駐地菏澤38公裏，鄄城縣總面積1042平方公裏，南北37公裏、東西32公裏，占全省面積的0.67%。縣委、縣政府駐地是古泉街道。
截至2013年，鄄城縣轄2個街道、12個鎮、3個鄉：古泉街道、陳王街道、紅船鎮、閆什鎮、什集鎮、舊城鎮、箕山鎮、董口鎮、臨濮鎮、彭樓鎮、李進士堂鎮、鄭營鎮、鳳凰鎮、大墊鎮、引馬鄉、富春鄉、左營鄉。
7、東明縣
位於山東省魯西南平原、黃河南岸，是黃河進入山東的第壹縣。位於北緯34°58′～35°25′、東經114°48′～115°16′之間。縣境南北最長55公裏，東西最寬35公裏。東臨菏澤市牡丹區、曹縣，南與河南省蘭考縣接壤，西北與河南省長垣縣、濮陽縣隔河相望，總面積1370平方公裏。
截至2015年，東明縣轄2個街道、10個鎮、2個鄉：城關街道、漁沃街道、東明集鎮、劉樓鎮、陸圈鎮、馬頭鎮、三春集鎮、大屯鎮、武勝橋鎮、菜園集鎮、沙窩鎮、小井鎮、長興集鄉、焦園鄉。***有395個行政村、921個自然村。
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菏澤市人民政府-行政區劃