寧波大學海運學院的前身為1986年設置的原浙江水產學院航海系的海洋船舶駕駛專業和1987年設置的原浙江水產學院機械系的輪機管理專業。1991年，輪機管理專業從浙江水產學院機械系裏分離出來，並入航海系管理。1994年，輪機管理專業又從航海系裏分離出來，成立輪機系。1996年10月，浙江水產學院寧波分院與寧波大學合並，同年12月原浙江水產學院寧波分院航海系和輪機系合並成立寧波大學海運學院。2001年5月，原國家海洋局所屬的寧波海洋學校船舶類專業並入寧波大學海運學院。
學院現有教職工61人，在編專任教師中教授、副教授占66% ，具有碩士及以上學位的占90%；持有甲類航區船長、輪機長等高級船員適任證書的教師占40%。學院現有在校研究生、本科生741人。
學院具有較完備的教學和科研設施，實驗室現有固定資產1800萬元，實驗用房面積3295平方米。擁有大型船舶操縱模擬器、輪機模擬器、全球海上遇險與安全系統模擬實驗室（ GMDSS ）、海洋天象館、 “ 海運 ” 號散裝液貨模擬實習船、船舶海水淡化實驗室、鍋爐實驗室、綜合導航駕駛臺實驗室、多功能評估訓練室和綜合物流模擬室等 30 多個國內領先水平的實驗室。
學院根據國際海事組織的《 STCW78/95 公約》和《中華人民***和國船員教育和培訓質量管理規則》，建立了《寧波大學船員教育和培訓質量體系》，對整個教學過程進行管理和監督，確保學生的培養質量。學院依托綜合性大學的外語、計算機等基礎學科優勢，加強基礎教育，註重學生的人文素質教育和綜合素質培養；堅持知識、能力、素質協調發展，構築新的人才培養模式。學院以航海類專業為主幹，物流管理專業為拓展，依托和發揮綜合大學的優勢，促進學科交叉和協調發展；以教學為中心，積極開展科學研究和社會服務；為我國港航企事業單位及物流管理等相關部門培養高素質的專門人才，是我國培養航運事業高層次人才的重要基地之壹。