孫家鼐（1898年7月—1900年春） ?
許景澄（1899年7月—1900年7月） ?
張百熙（1902年1月—1904年2月） ?
張亨嘉（1904年2月—1906年2月） ?
李家駒（1906年2月—1907年7月） ?
朱益藩（1907年7月—1907年12月） ?
劉廷琛（1907年12月—1910年9月）
中華民國北洋政府國立北京大學時期
嚴復 （1912年2月—1912年10月） ?
何燏時（1912年12月—1913年11月） ?
胡仁源（1913年11月—1916年12月） ?
蔡元培（1916年12月—1927年8月） ?
劉哲 （1927年8月—1928年6月）
中華民國國民政府國立北京大學時期
李煜瀛（1928年6月—1929年1月） ?
陳大齊（1929年1月—1929年8月） ?
蔡元培（1929年9月—1930年12月） ?
蔣夢麟（1930年12月—1937年7月）
日本控制北平時期
湯爾和（1939年1月—1940年3月） ?
錢稻孫（1940年3月—1945年10月）
中華民國國民政府恢復管治時期
傅斯年（1945年10月—1946年8月） ?
胡適 （1946年9月—1948年12月）
中華人民***和國時期校長
湯用彤（1949年5月—1951年9月） ?
馬寅初（1951年6月—1960年3月） ?
陸平 （1960年3月—1966年6月）
張承先（1966年6月1日—1966年7月26日）（北京大學文化大革命工作組組長）
聶元梓（1966年7月28日—1966年9月）（北京大學文化革命委員會籌備委員會主任）
聶元梓（1966年9月11日—？）（北京大學文化革命委員會主任） ?
楊德中（1969年9月27日—？）（北京大學革命委員會主任） ?
周培源（1978年7月—1981年3月）
張龍翔（1981年5月—1984年3月） ?
丁石孫（1984年3月—1989年8月） ?
吳樹青（1989年8月—1996年8月） ?
陳佳洱（1996年7月—1999年11月） ?
許智宏（1999年11月—2008年11月） ?
周其鳳（2008年11月—2013年3月）
王恩哥（2013年3月—至今）