中華全國人民調解員協會每屆任期五年，受司法部、民政部的業務指導和監督管理。
第壹屆協會的會長由原司法部副部長張耕同誌擔任，副會長分別由陳琪（基層司司長）、劉誌濤、劉之元（原基層司司長、副司長）、周賢奇（最高人民法院民庭副庭長）、鞠定國（鞍山鋼鐵公司副總經理）、潭竹清、李秀榮（調解主任）等7人擔任，秘書長由陳琪同誌兼任、副秘書長由李明擔任。陳丕顯、劉復之、雷潔瓊應司法部和協會的邀請，擔任第壹屆協會的名譽會長。
1999年5月，協會召開了第二屆會員代表大會，進行了換屆選舉。原司法部副部長段正坤同誌當選為第二屆協會會長，陳琪、羅建平、俞宏武、楊榮新、潭竹清等5人當選為副會長，陳琪兼任秘書長，李冰擔任副秘書長。劉復之、雷潔瓊接受司法部和協會的聘請，繼續擔任第二屆協會的名譽會長。
2007年11月，協會召開第三屆會員代表大會，大會選舉產生了第三屆中華全國人民調解員協會常務理事會和理事會。司法部副部長郝赤勇同誌當選為會長，司法部基層工作指導司司長王玨當選為常務副會長，俞宏武、吳美麗當選副會長，李冰擔任秘書長，成洪亮、高建勛擔任副秘書長。