出獄後任中書令，繼續發憤著書，終於完成了《史記》的撰寫。人稱其書為《太史公書》。是中國第壹部紀傳體通史，對後世史學影響深遠，《史記》語言生動，形象鮮明，也是優秀的文學作品。司馬遷還撰有《報任安書》，記述了他下獄受刑的經過和著書的抱負，為歷代傳頌。
司馬遷是中國歷史上偉大的史學家"他因直言進諫而遭宮刑，卻因此更加發憤著書，創作了名震古今中外的史學臣著《史記》，為中國人民，世界人民流下了壹筆珍貴的文化遺產。 壹、繼父誌，任史官
司馬遷，宇子長，漢景帝中元五年(公元前145年)出生於龍門山下(在今天的陜西省韓城縣)。
元封三年(公元前108年)，司馬遷繼承父親司馬談的遺誌，當上了太史令，開始從皇家藏書館中整理選錄歷史典籍。司馬遷的祖先並不十分顯要，其家族世代掌管太史的官職。但是司馬遷和他的父親都以此為榮，在他們的心目中，修史是壹項崇高的事業。他們為此奉獻了自己壹生的精力。
司馬談壹直準備寫壹部貫通古今的史書。在父親的直接教導下，司馬遷十歲時便開始學習當時的古文。後來，他又跟著董仲舒學習《春秋》，跟孔安國學習《尚書》。司馬遷學習刻苦，進步非常快，極有鉆研精神。
司馬遷的父親病危時，拉著兒子的手，流著眼淚對他說:"......我死了以後，妳壹定要接著做太史，千萬不要忘記我壹生希望寫出壹部通史的願望。妳壹定要繼承我的事業，不要忘記啊!"這壹番諄諄囑托極大地震動了司馬遷，他看到了父親作為壹名史學家難得的使命感和責任感，他也知道父親將自己畢生未竟的事業寄托在自己的身上。司馬遷低著頭，流著淚，悲痛而堅定地應允道:"兒子我雖然沒有什麽才能，但我壹定完成您的誌願。"
司馬遷做了太史令以後，就有了閱讀外面看不到的書籍和重要資料的機會。這為他以後著《史記》提供了良好的條件。可是，資料整理工作非常繁復。由於當時的那些藏書和國家檔案都雜亂無序，連壹個可以查考的目錄也沒有，司馬遷必須從壹大堆的木簡和絹書中找線索，去整理和考證史料。司馬遷幾年如壹日,絞盡腦汁，費盡心血，幾乎天天都埋著頭整理和考證史料。
司馬遷壹直記得父親的遺誌，他決心效法孔子編纂《春秋》，寫出壹部同樣能永垂不朽的史著。公元前104年，司馬遷在主持歷法修改工作的同時，正式動手寫他的偉大著作《史記》 top
二、直言受宮刑
天漢二年(公元前99年)，正當司馬遷全身心地撰寫《史記》之時，卻遇上了飛來橫禍，這就是李陵事件。
這年夏天，武帝派自己寵妃李夫人的哥哥、二師將軍李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子、別將李陵隨從李廣利押運輜重。李廣帶領步卒五千人出居延，孤軍深入浚稽山，與單於遭遇。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰鬥，李陵斬殺了壹萬多匈奴，但由於他得不到主力部隊的後援，結果彈盡糧絕，不幸被俘。
李陵兵敗的消息傳到長安後，武帝本希望他能戰死，後聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱贊李陵的英勇，現在卻附和漢武帝，指責李陵的罪過。漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷壹方面安慰武帝，壹方面也痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護。他認為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的鳳範。司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們如今見李陵出兵不利，就壹味地落井下石，誇大其罪名。他對漢武帝說:"李陵只率領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。李陵自己雖陷於失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫於天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，壹定是想尋找適當的機會再報答漢室。"
司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣利沒有盡到他的責任。他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺勞師遠征、戰敗而歸的李廣利，於是下令將司馬遷打入大牢。
司馬遷被關進監獄以後，案子落到了當時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對酷吏，他始終不屈服，也不認罪。司馬遷在獄中反復不停地問自己"這是我的罪嗎?這是我的罪嗎?我壹個做臣子的，就不能發表點意見？"不久，有傳聞說李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。
據漢朝的刑法，死刑有兩種減免辦法:壹是拿五十萬錢贖罪，二是受"腐刑"。司馬遷官小家貧，當然拿不出這麽多錢贖罪。腐刑既殘酷地摧殘人體和精神，也極大地侮辱人格。司馬遷當然不願意忍受這樣的刑罰，悲痛欲絕的他甚至想到了自殺。可後來他想到，人總有壹死，但"死或重於泰山，或輕於鴻毛"，死的輕重意義是不同的。他覺得自己如果就這樣 "伏法而死"，就像牛身上少了壹根毛，是毫無價值的。他想到了孔子、屈原、左丘明和孫臏等人，想到了他們所受的屈辱以及所取得的驕人成果。司馬遷頓時覺得自己渾身充滿了力氣，他毅然選擇了腐刑。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，但他此時沒有怨恨，也沒有害怕。他只有壹個信念，那就是壹定要活下去，壹定要把《史記》寫完，"是以腸壹日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣也。"正因為還沒有完成《史記》，他才忍辱負重地活了下來。
三、 發憤著 《史記》
司馬遷從元封三年(公元前108年)為太史令後開始閱讀、整理史料，準備寫作，到太始四年(公元前93年)基本完成全部寫作計劃，***經過十六年。這是他用壹生的精力、艱苦的勞動，並忍受了肉體上和精神上的巨大痛苦，拿整個生命寫成的壹部永遠閃耀著光輝的偉大著作。
全書包括十二"本紀"，三十"世家"，七十"列傳"，十"表"，八 "書"，***五個部分，約五十二萬六千多宇。