鎮江船艇學院自其肇始，便與船艇結下不解之緣，1978年正式定點鎮江獨立辦學，辦學層次為中專，1991年升格為大專，1996年招收本科生，1999年更名為中國人民解放軍鎮江船艇學院，是目前全軍唯壹面向陸空軍船艇部隊培養船艇軍事人才的專業性院校。
陸空軍船艇部隊是我軍水上保障的重要力量，擔負著為海、邊防部隊和水網地區部隊戰備、訓練和執勤提供水上運輸保障的重要任務。在30年的發展歷程中，學院緣船而生，因艇而興，伴隨著船艇部隊的發展而成長，伴隨著我國軍事交通事業的興起而壯大。進入新世紀新階段，特別是第十五次全軍院校會議後，學院進壹步理清辦學思路，更新教育觀念，主動實現思想觀念的轉型，在人才培養、專業建設、學科研究等方面，堅持以軍事鬥爭準備為龍頭，以船艇部隊需求為牽引，按照“特色辦學、重點突破、內涵建設、創新發展”的辦學思路，進壹步明確了“專業為船艇而設、人才為船艇而育”的辦學理念和特色。多年來，學院始終沒有偏離過“以船興院、以艇圖強”的立足點，沒有放棄過“優質育人、特色育人”的基本目標，始終堅持以專業特色創優勢，以人才質量求發展。正是在這持之以恒的堅持和辦學理念的不斷凝練中，學院打造了自己的特色專業群和特色育人模式。新世紀新階段，鎮江船艇學院以勇立潮頭，革故鼎新的進取精神，按照新型軍事人才三條標準，積極貫徹指技合壹、軍政兼融、通專結合的人才培養指導思想，創造性地構建了“打牢三個基礎、強化四種能力、提高五項素質”的新型船艇軍事人才培養模式。第十五次全軍院校會議之後，全軍院校被劃分為學歷教育和任職教育兩種類型，院校教育面臨重大轉型。鎮江船艇學院由於所設學科專業的獨特性和唯壹性，出現了學歷教育與任職教育並重發展、多種教育類型並存壹校的新局面。學歷教育涵蓋了研究生、本科、大專、中專等多個層次，任職教育包括軍官逐級培訓、士官崗前培訓、學兵專業訓練等多種形式。學院主動適應形勢任務發展要求，建立了多層次、多規格、相互銜接、逐級遞進的人才培養體系，實現了船艇專業任職教育、學歷教育、專業兵培訓壹體化訓練。針對新型船艇軍事人才培養模式和系統化的人才培養體系，學院加大專業課程整合力度，從有效履行船艇輸送保障作戰任務出發，突出課程的先進性、針對性，建立了以《船艇輸送指揮》等課程為主的特色鮮明、綜合優化的專業課程體系。