1、頭部形狀不同：雙髻鯊的頭部呈現出兩個明顯的凸起，而錘頭鯊的頭部呈現出類似錘子的形狀。這是最為明顯的區別之壹。
2、生活習性不同：雙髻鯊主要生活在深海中，是壹種典型的深海鯊魚。喜歡獨自行動，經常在深海中遊蕩，以小型魚類和頭足類為食。而錘頭鯊則主要生活在淺海中，經常在珊瑚礁附近活動，小型魚類、頭足類以及甲殼類為食。錘頭鯊還有壹種獨特的行為，就是經常會在珊瑚礁上面打滾，這種行為被認為是錘頭鯊進行身體清潔的壹種方式。
3、身體大小不同：雙髻鯊和錘頭鯊在身體大小上也有所不同。雙髻鯊的身體比較修長，只有2-3米，而錘頭鯊的身體比較短胖，可以長到4-5米。