有些培養基成分中含不能加熱滅菌的化合物，如尿素、腹水等，可用細菌過濾器，過濾除菌。
在高壓滅菌時應嚴格按照操作規程執行，必須逐漸加熱，徹底排除滅菌器內的空氣，再逐漸升壓保持預定的壓力和時間，達到全部殺滅微生物。