約公元前10000年，在今波哥大附近存在著狩獵-采集的社會形態。在公元1千年左右，美洲的印第安人創造了壹種政治制度。它為金字塔型的結構，塔頂為首領。在今哥倫比亞，有兩個文明采用了這種復雜的制度。壹個是加勒比區域的泰羅那（Tayronas），另壹個為波哥大附近的穆西卡（Muisca）。穆西卡也可譯為奇布查族。
獨立前的哥倫比亞哥倫比亞的土著居民是奇布查印第安人。他們用木制和石制的工具種植玉米、木薯等農作物，織棉布。該地區是古代南美著名金礦產地，奇布查人具有較高水平的黃金裝飾藝術。 1501年，西班牙人R.de巴斯蒂達斯首先到達哥倫比亞北部海岸，1525年建立了聖瑪爾塔城。1533年，P.de埃雷迪亞又建立了卡塔赫納。1535年，G.希門尼斯·德·克薩達率西班牙殖民軍進入哥倫比亞內地，征服了奇布查人，建立波哥大城，從此哥倫比亞淪為西班牙殖民地。初屬秘魯總督管轄，1718年西班牙王室在波哥大設置新格拉納達總督後，由該總督直接統治。在西班牙殖民統治下，印第安人受到殘酷剝削，土生白人也遭受種種壓榨。印第安人不斷發動起義，土生白人也於1781年舉行過起義（見新格拉納達市民起義）。
1808年拿破侖壹世侵入西班牙的消息傳到哥倫比亞後，該地人民立即掀起了獨立運動。1810年7月20日，波哥大爆發了大規模反對西班牙殖民統治的暴動，逮捕了新格拉納達總督。1811年11月，各地代表在波哥大組織國會，成立了新格拉納達聯合省政府，並於11月11日宣布獨立。但是昆迪納馬卡沒有承認這個聯邦。在1812年底，在形成政體的爭論最終導致內戰。1814年又再壹次爆發。1815年中，壹支大規模的西班牙遠征軍抵達新格林納達。推翻了聯合省政府。16年五月，保皇黨控制了整個新格林納達。1815年西班牙殖民者卷土重來。1819年8月7日，S.玻利瓦爾領導起義軍在博亞卡戰役大敗西班牙殖民軍，10日攻克波哥大，從此結束了西班牙的殖民統治。 1815年，玻利瓦爾在《牙買加來信》中設想，當南美洲從西班牙殖民統治下獲得解放後，新格拉納達和委內瑞拉應組成壹個國家，取名“哥倫比亞”。1819年 8月，玻利瓦爾率領的愛國軍在波亞卡戰役中擊敗西班牙西班牙殖民軍，解放了波哥大。於是，新格拉納達和委內瑞拉的大部分地區已獲解放。玻利瓦爾在征得新格拉納達愛國軍民的同意後，於同年12月在安戈斯圖拉召開的委內瑞拉國會中建議委內瑞拉同新格拉納達聯合組成壹個統壹國家。12月17日國會通過決議，正式成立聯合這兩個地區的哥倫比亞***和國。1821年 5月，哥倫比亞國在臨時首都庫庫塔召開制憲會議，8月20日，會議通過並頒布了哥倫比亞國家第壹部憲法。憲法規定實行中央集權制***和政體，還通過壹系列法令，宣布廢除奴隸制，解放奴隸及其子女，禁止買賣奴隸；規定公民享有平等權利，有言論、出版自由。會議選舉玻利瓦爾為***和國第壹任總統，桑坦德爾為副總統。1822年5月，玻利瓦爾派蘇克雷將軍率軍隊解放了基多，隨後厄瓜多爾宣布加入哥倫比亞***和國。
1823年，玻利瓦爾應秘魯愛國者的請求，經國會批準，率哥倫比亞軍隊進入秘魯同西班牙西班牙殖民軍作戰。
1824年，哥倫比亞與秘魯聯軍打敗西班牙殖民軍，秘魯獲得了獨立。玻利瓦爾率軍在秘魯作戰期間，桑坦德爾代行總統職務，主持哥倫比亞政務。桑坦德爾主張建立聯邦制的政權，並聯合地方勢力反對玻利瓦爾團結統壹的政治主張。哥倫比亞國會和政府內部的派別鬥爭日益尖銳。
1826年 4月，以派斯為首的委內瑞拉地方執政者及反對以桑坦德爾為首的新格拉納達執政者，要求單獨成立國家。經玻利瓦爾調解，分裂活動暫時被制止，但內部矛盾和派別鬥爭依然存在。
1828年5月8日哥倫比亞國民代表會議在奧卡尼亞召開。以玻利瓦爾為首的中央集權派同以桑坦德爾為代表的聯邦派在會議上發生尖銳沖突。之後，各地方的分裂傾向愈益明顯。
1829年11月，委內瑞拉發表聲明，退出大哥倫比亞***和國。
1830年1月，玻利瓦爾在國會辭去總統職務，以期消除分歧，維護國家統壹，但無濟於事。5月31日，基多地區宣布退出哥倫比亞，成立厄瓜多爾***和國。12月17日，玻利瓦爾逝世，隨後，哥倫比亞解體。1831年哥倫比亞及巴拿馬地區改名為新格拉納達***和國。 1832～1837年，F.de P.桑坦德爾任***和國第壹屆總統，實行考迪略獨裁統治（見考迪略主義）。其後，保守黨與自由黨（見哥倫比亞保守黨、哥倫比亞自由黨）爭權奪利，內戰頻繁，政局長期不穩。1849～1884年自由黨執政期間（其中1857～1860年壹度由保守黨執政），實行了若幹改革：廢除奴隸制和政府專賣制；取消教士特權,沒收教會財產;制定憲法,規定政教分離,宣布信仰、言論和出版自由。1856年哥倫比亞改名為格拉納達邦聯，1863年改稱哥倫比亞合眾國。
1884年大選時，自由黨的分裂為保守黨候選人R.努涅斯造成當選總統的機會。保守黨政府為鞏固大地主專政，恢復天主教會的權力，於1886年制定憲法，宣布天主教為國教，加強了總統的權力，並改國名為哥倫比亞***和國。保守黨殘酷迫害異己，鎮壓群眾。1899～1902年自由黨和保守黨之間爆發了所謂“千日戰爭”，國民經濟遭到嚴重破壞。
20世紀初，哥倫比亞經濟有所發展，咖啡和石油產量增加,紡織業和食品業發展起來,交通運輸也有所改進。1903年11月，美國策動巴拿馬脫離哥倫比亞獨立（見巴拿馬獨立）。與此同時，美國和英國大量投資於哥倫比亞的石油、鐵路以及咖啡、香蕉種植園，大肆掠奪哥倫比亞的財富。1929年資本主義世界經濟危機爆發後,哥倫比亞的咖啡和石油出口減少，人民生活更加困苦。1930年 7月，哥倫比亞***產黨成立。同年，自由黨人E.奧拉亞·埃雷拉當選總統（1930～1934在任）。
自由黨再度執政後，在人民的壓力下實行了壹些改革。A.洛佩斯·普馬雷霍第壹次執政期間，於1936年修改憲法：明確三權分立原則,實行直接選舉;廢除天主教會對教育的壟斷；規定工人有權罷工，有選擇職業的自由；政府承認農民占領私人荒地的所有權，規定工人的最高工作日和失業補助。第二次世界大戰期間，由於工業品進口減少,咖啡輸出增多,哥倫比亞的工農業都有所發展,國家黃金儲備增加,工人階級隊伍不斷壯大。1941年12月太平洋戰爭爆發後，哥倫比亞與日本斷交，1943年11月對德宣戰。
1946年，保守黨人M.奧斯皮納·佩雷斯在美國支持下當選總統（1946～1950在任）大肆迫害自由黨人和勞動人民。1948年 4月，自由黨左翼領袖J.E.蓋坦被暗殺，導致人民武裝起義。1949年保守黨人L.E.戈麥斯·卡斯特羅當選總統，執行親美獨裁政策。1950年農民在山區組織遊擊隊，多次擊退政府軍的圍攻。1953年武裝部隊司令G.羅哈斯·皮尼利亞發動政變上臺，1957年被迫下臺。同年自由黨和保守黨達成協議，組成全國陣線，決定從1958年起16年內兩黨輪流擔任總統，***同組閣。此後，國民經濟發展較快。但美國資本大量輸入，控制了哥倫比亞的石油、咖啡和香蕉生產，並操縱哥倫比亞的對外貿易。1974年兩黨協議期滿後，自由黨人連續兩屆當選總統，政局比較穩定。1974年10月政府宣布取消外國公司的石油租讓權。1975年頒布法令，規定對外國銀行、信貸機構等實行 “哥倫比亞化”。1980年 2月7日，哥倫比亞與中國正式建立外交關系。1982年保守黨人 B.貝坦庫爾·誇爾塔斯當選總統，宣布其政府為超政黨的國民政府，並批準了赦免遊擊隊的法案，以求通過與反政府武裝力量對話來解決國內和平問題。1984年政府同主要遊擊組織達成和平停火協定，1985年 1月開始全國對話;但遊擊隊活動仍在繼續。1986年,自由黨人V.B.巴爾加斯當選總統。 哥倫比亞總統烏裏韋2002年上臺後，采取更強硬的右翼路線。FARC遭該國政府大力圍剿。事源哥倫比亞革命武裝力量於1983年曾殺死烏裏韋的父親，烏裏韋上臺後以打擊哥倫比亞革命武裝力量為首務，拉近了哥倫比亞與美國的距離，美國更大力資助哥倫比亞。從2000年開始，面對政府打擊力度加強，哥倫比亞革命武裝力量開始逐步戰略撤退。左翼浪潮近年在南美洲此起彼落，哥倫比亞是少數目前仍由右翼掌權的國家。
2006年5月28日，哥倫比亞全國計票委員會公布總統選舉的選票統計結果，阿爾瓦羅·烏裏韋獲得63%以上的選票，成功連任。
2010年，烏裏韋本希望再度透過修改憲法尋求連任，但遭最高法院駁回，他並沒有像查韋斯以公投推動修憲，故決定接受，並推薦執政黨總統候選人、前任國防部長胡安·曼努埃爾·桑托斯代表執政黨參選。同年，桑托斯作為執政中間偏右民族團結社會黨的候選人參與哥倫比亞總統選舉，在6月20日舉行的總統選舉第二輪投票中，桑托斯以高票戰勝在野中間派抉擇綠黨候選人安塔納斯·莫茨庫斯，當選為新壹任哥倫比亞總統