不良反應的發生率在4 個安慰劑對照的臨床研究中，接受推薦劑量巴利昔單抗的590 名患者的不良事件發生率與595 名接受安慰劑治療的對照患者相比較，兩者無差別。同安慰劑比較，巴利昔單抗不增加嚴重不良事件的發生率。在每個研究中，所有病人總的與治療相關的不良事件發生率，巴利昔單抗組(7.1-40%)與安慰劑組(7.6%-39%)間無顯著性差異。在壹個以活性藥物作為對照的研究中，使用巴利昔單抗的患者中出現的與治療有關的不良事件(11.4%)較接受ATG/ALG 治療的患者(41.5%)少。成人的經驗在巴利昔單抗組與安慰劑組或巴利昔單抗組與ATG/ALG 組的比較中發現，無論是采用二聯用藥方案還是三聯用藥方案，兩組最常見的不良事件（大於20%）為便秘、泌尿道感染、疼痛、惡心、外周性水腫、高血壓、貧血、頭痛、高鉀血癥、高膽固醇血癥、術後創口並發癥、體重增加、血肌酐增高、低磷血癥、腹瀉和上呼吸道感染。兒童的經驗在接受巴利昔單抗及二聯免疫抑制劑治療的體重大於等於35 公斤和體重小於35 公斤的兩組中，最常見的不良事件（大於20%）為泌尿道感染、多毛癥、鼻炎、發熱、高血壓、上呼吸道感染、病毒感染、敗血癥和便秘。感染的發生率接受二聯或三聯免疫抑制劑治療方案治療的患者，總的感染發生率及類型相似，巴利昔單抗組為75.9%，安慰劑或ATG/ALG 組為75.6%。嚴重感染的發生率，兩組相似，巴利昔單抗組為26.1%，對照組為24.8%。接受二聯或三聯治療的患者，巨細胞病毒感染（CMV）的發生率，兩組相似，分別為14.6%和17.3%。惡性腫瘤的發生率每個研究中總的惡性腫瘤的發生率，在巴利昔單抗組及其對照組中是相似的。巴利昔單抗組中有0.1%(1/701)的患者出現淋巴瘤/淋巴細胞增殖性疾病，安慰劑組為0.3%(2/595)，ATG/ALG組為0%（0/65）。其他惡性腫瘤的發病率在巴利昔單抗組為1.0%(7/701)，安慰劑組為1.2%(7/595)，ATG/ALG 組為4.6%(3/65)。在對兩個為期5 年的延展性研究的薈萃分析中，淋巴細胞增殖性疾病（LPDs）和癌癥的發病率是相等的，巴利昔單抗組為7%（21/295），安慰劑組為7%（21/291）。在應用巴利昔單抗的患者中，人抗鼠抗體反應不常見（[2%，見藥理毒理）。使用巴利昔單抗不影響繼續使用其他鼠抗淋巴細胞抗體制劑。接受二聯或三聯免疫抑制劑治療方案治療的患者的死亡率和死亡原因，在巴利昔單抗組與其對照組相似。巴利昔單抗組的死亡率為2.9%，安慰劑或ATG/ALG 組為2.6%。兩組中最常見的死亡原因均為感染（巴利昔單抗組為1.3%，安慰劑或ATG/ALG 組為1.4%）。在對兩個為期5 年的延展性研究的薈萃分析中，死亡的發生率和死亡原因在兩治療組相似，巴利昔單抗組為15%，安慰劑組為11%。與心臟有關的疾病是主要的死因，巴利昔單抗組為5%，安慰劑組為4%。