在1998年的“紀念湄洲媽祖金身巡遊臺灣壹周年”座談會上，有部分媽祖文化機構代表提出要成立“世界媽祖信眾聯誼會”。2002年，在湄洲媽祖祖廟召開的第壹次籌備前期工作座談會上，決定將擬籌建的“世界媽祖信眾聯誼會”更名為“中華媽祖文化交流協會”。2004年6月，國家民政部批復同意成立“中華媽祖文化交流協會”。它是國家批準的首個全國性媽祖文化社團。它的成立，標誌著媽祖現象被正式界定為媽祖文化，有利於團結海內外炎黃子孫；也有利於積極推進海峽兩岸民間的交流和合作。
2004年10月31日下午，中華媽祖文化交流協會在莆田湄洲祖廟隆重成立。中***中央政治局常委、全國政協主席賈慶林，國務委員陳至立為協會成立發來賀信。福建省委副書記黃瑞霖，省委常委、宣傳部長荊福生等領導到會祝賀。
在成立大會上，全國政協副主席、臺盟中央主席張克輝當選為中華媽祖文化交流協會會長，中國僑聯主席林兆樞、莆田市人大主任林國良、湄洲媽祖祖廟董事會董事長林金榜、臺灣省臺中縣大甲鎮瀾宮董事長顏清標、臺灣省北港朝天宮董事長蔡永常及天津天後宮管委會主任蔡長奎當選為交流協會副會長，林金榜兼任秘書長，霍英東、馬萬祺及陳江和先生為中華媽祖文化交流協會名譽會長。