金屬的甲基化和去甲基化反應壹般是有微生物參與的，過程中由於微生物介導的電子傳遞，使甲基去除，或獲得。如：Hg的甲基化是在SRB硫酸鹽還原菌，IB鐵細菌等參與下實現的，通常維生素B等可以提供微生物的碳源，同時也是甲基的供應者。
DNA甲基化（DNA methylation）
在甲基轉移酶的催化下，DNA的CG兩個核苷酸的胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5甲基胞嘧啶，這常見於基因的5’-CG-3’序列。大多數脊椎動物基因組DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5’端的非編碼區，並成簇存在。甲基化位點可隨DNA的復制而遺傳，因為DNA復制後，甲基化酶可將新合成的未甲基化的位點進行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。
結構基因含有很多CPG 結構, 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構。基因組中60%～ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島, 位於結構基因啟動子的核心序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶?限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發遺傳病或癌癥, 而且, 生物體甲基化的方式是穩定的, 可遺傳的。
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