1.親和層析：利用分子與其配體間特殊的、可逆性的親和結合作用而進行分離的壹種層析技術.
原理：將具有特殊結構的親和分子制成固相吸附劑放置在層析柱中,當要被分離的蛋白混合液通過層析柱時,與吸附劑具有親和能力的蛋白質就會被吸附而滯留在層析柱中.那些沒有親和力的蛋白質由於不被吸附,直接流出,從而與被分離的蛋白質分開,然後選用適當的洗脫液,改變結合條件將被結合的蛋白質洗脫下來.
2.凝膠過濾：利用壹定大小孔隙的具有網狀結構的凝膠作層析介質（如葡聚糖凝膠、瓊脂糖凝膠、聚丙烯酰胺凝膠等）,根據被分離物質的分子大小、形狀不同擴散到凝膠孔隙內的速度不同,因而通過層析柱的快慢不同而分離的壹種層析法.
原理：凝膠過濾層析(gel filtration chromatography)法又稱排阻層析或分子篩方法,主要是根據蛋白質的大小和形狀,即蛋白質的質量進行分離和純化.層析柱中的填料是某些惰性的多孔網狀結構物質,多是交聯的聚糖(如葡聚糖或瓊脂糖)類物質,使蛋白質混合物中的物質按分子大小的不同進行分離.也叫做分子排阻層析（molecular-exclusion chromatography）.壹種利用帶孔凝膠珠作基質,按照分子大小分離蛋白質或其它分子混合物的層析技術.壹般是大分子先流出來,小分子後流出來.
3.聚丙烯酰胺凝膠電泳：用於分離蛋白質和寡糖核苷酸.
作用原理 聚丙烯酰胺凝膠電泳是網狀結構,具有分子篩效應.它有兩種形式：（1）非變性聚丙烯酰胺凝膠,在電泳的過程中,蛋白質能夠保持完整狀態,並依據蛋白質的分子量大小、蛋白質的形狀及其所附帶的電荷量而逐漸呈梯度分開.
4.鹽析：增加中性鹽濃度使蛋白質、氣體、未帶電分子溶解度降低的現象.是蛋白質分離純化中經常使用的方法,最常用的中性鹽有硫酸銨、硫酸鈉和氯化鈉等.