能在宿主細胞中復制擴增，用於測序和保存外源基因。這類載體具有最簡單的組成基本元件（ori，Ampr/Kanar,MCS）,沒有啟動子等啟動轉錄、翻譯的元件。
除克隆載體的基本元件外，還具有啟動子等啟動轉錄/翻譯所必需的DNA序列。
用於靶向基因敲除和定點編輯。含有目標基因的識別序列或目標基因mRNA的shRNA，實現切斷目標基因或mRNA降解，起到基因表達沈默的效果，下調蛋白表達。
Ori 即控制復制起始的位點。原核生物 DNA 分子中只有壹個復制起始點。而真核生物 DNA 分子有多個復制起始位點。被宿主細胞復制因子所識別，利用宿主的復制機器，復制，增加拷貝數。因宿主復制機器不同，可分為原核/真核/穿梭質粒。
質粒轉化是壹個效率極低的過程，平均約10000個細胞中有1個細胞轉化成功。想象壹下，如果沒有抗性基因的存在，篩選出陽性克隆的時間將大大延長。並且，外源性存在的質粒要進行復制等活動，會消耗宿主細胞自身的資源，在沒有抗生素的培養基中，帶有質粒的細胞不占優勢，慢慢消失；在抗生素的存在情況下，抗性基因幫助宿主細胞分解抗生素，細胞才會需要質粒。
抗生素抗性基因 ：單詞最後會以大寫R或上標r結束。
Ampr 氨芐青黴素，水解 β－內酰胺環，解除氨芐的毒性。
tetr 四環素，可以阻止四環素進入細胞。
camr 生成氯黴素羥乙酰基衍生物，使之失去毒性。
neor（kanr）氨基糖苷磷酸轉移酶 使 G418（長那黴素衍生物）失活。
hygr 潮黴素，農桿菌裏常用的。使潮黴素 β 失活
Kan（卡那黴素，常用）、Cmr（氯黴素，某些酵母表達質粒）、SM（鏈黴素）、
決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。商業化的質粒大多已人為地改造添加多個限制酶的單壹切點。便於外源基因的插入。
常見的標簽如6×His、Myc、GST等；常用到的報告基因如β-半乳糖苷酶、GFP、熒光素酶等。
即啟動子（Promoter）-核糖體結合位點（RBS）-轉錄終止信號-增強子。
這是用來區分克隆載體與表達載體的。克隆載體中加入壹些表達系統元件即成為表達載體。對於質粒發揮作用，至關重要！
啟動子：是RNA聚合酶結合位點，位於基因表達框的上遊。啟動子序列控制RNA聚合酶與轉錄因子的結合，因此對於DNA何時何地轉錄至關重要。因宿主RNA聚合酶種類不同，質粒中的啟動子類型也有所不同。P：這個壹般是代表啟動子。常見的啟動子有：CMV、EF1（這倆是啟動長片段的），H1、U6（啟動短片段的，比如shRNA），35S、2×35S（做植物的應該懂的）。
核糖體結合位點：壹般為AUG（起始密碼子）。也常常會有SD序列，在起始密碼子上遊5-10bp處，同16s rRNA 3＇端互補。
Terms轉錄終止信號：結構基因的最後壹個外顯子中有壹個AATAAA的保守序列，下遊有壹段GT或T富豐區，這2部分***同構成poly（A）加尾信號。細菌表達質粒常見的終止子如T7，哺乳動物細胞質粒常見的終止子如SV40、SV40 late polyA、BGH等。加 poly（A）信號：可以起到穩定 mRNA 作用。pA：這個就是轉錄終止位點poly A。
增強子：為真核基因組（包括真核病毒基因組）中的壹種具有增強鄰近基因轉錄過程的調控順序。其作用與增強子所在的位置或方向無關。
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