伊犁貝母育苗田主要病害有灰黴病和銹病。
（1）灰黴病
由真菌引起的地上部病害，為害伊犁貝母莖、葉。壹般在5月下旬開始發生，當氣溫達到18℃以上，陰雨連綿，高溫多濕情況下發病較重，侵染傳播迅速，嚴重時3～5天全田植株毀滅；發病植株先在葉片上淡褐色斑點，逐步擴大，形成橢圓形或不規則的病斑，邊緣有明顯的水漬狀環，不斷擴大成灰色斑，後期產生灰色黴狀物。
防治方法
伊犁貝母植株枯萎後及進清理田園，實行輪作，加強田間管理，合理施肥；在伊犁貝母展葉後噴灑50%～70%速克靈300～500倍液；或50%多菌靈500～800倍液。每隔7天壹次，連續3～4次，防治效果達90%以上。
（2）銹病
防治方法參照平貝母進行。