它們都是核酸酶，但是它們切核酸的方式不同。具體不同的地方在於：
1、水解位置不同；
2、切點要求不同；
3、分類不同。
從多核苷酸鏈末端水解核酸的酶稱為核酸外核酶，而從多核苷酸鏈中部水解核酸的酶稱為核酸內核酶，兩者都是核酸酶，但它們切割核酸的方式不同。
核酸內切酶:
核酸內切酶是在核酸水解酶中，水解DNA分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡/寡聚核苷酸的酶。從對底物的特異性來看，可分為DNaseⅠ、DNaseⅡ等僅分解DNA的酶。
脾臟RNase、RNaseT1等僅分解RNA的酶；還有就是如鏈孢黴（Neurospora）核酸酶這類既分解DNA又分解RNA的酶。
壹般來說，大都不具堿基特異性，但也有諸如HindⅢ、EcoRⅠ等具有限制性的，能夠識別並切斷特定的堿基或堿基序列的酶。?
核酸外切酶:
核酸外切酶是壹類能從多核苷酸鏈的壹端開始按序催化水解3、5-磷酸二酯鍵，降解核苷酸的酶。其水解的最終產物是單個的核苷酸（DNA為dNTP，RNA為NTP）。按作用的特性差異可以將其分為單鏈的核酸外切酶和雙鏈的核酸外切酶。?
單鏈的核酸外切酶包括大腸桿菌核酸外切酶Ⅰ（exoⅠ）和核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）。核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）能夠從5′-末端或3′-末端呈單鏈狀態的DNA分子上降解DNA，產生出寡核苷酸短片段，而且是唯壹不需要Mg2+離子的活性酶，是壹種耐受性很強的核酸酶。
核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）可以用來測定基因組DNA中壹些特殊的間隔序列和編碼序列的位置。它只切割末端有單鏈突出的DNA分子。
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擴展資料：
核酸內切酶（endonuclease）在核酸水解酶中，為可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸的酶，與核酸外切酶相對應。
從對底物的特異性來看，可分為DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。壹般來說，大都不具堿基特異性，但也有諸如脾臟RNase、RNaseT1等或限制性內切酶那種能夠識別並切斷特定的堿基或堿基序列的酶。
參考資料：
/baike.baidu.com/item/%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%86%85%E5%88%87%E9%85%B6/5934265"target="_blank"title="只支持選中壹個鏈接時生效">百度百科-核酸內切酶