1、分類不同
MHCI類分子位於普通細胞表面，被CD8＋T細胞識別。
MHCⅡ類分子主要的抗原呈遞細胞（APC），輔助T細胞識別。
2、位置不同
MHCI類（MHCI）：位於普通細胞的表面，它可以提供有關細胞內部條件的信息。例如，病毒外膜片段的肽可以通過細胞外的MHC被CD8＋T殺傷細胞剔除。
MHCⅡ類（MHCⅡ）：主要的抗原呈遞細胞（APC）、巨噬細胞等。這樣的供應是細胞外的情況，如細菌入侵組織，然後吞噬巨噬細胞，利用MHC提示片段的細菌幫助T細胞，啟動免疫反應。
擴展資料：
註意事項：
在免疫應答中，許多輔助分子的存在是必需的，其中最重要的是MHC（主要組織相容性復合體）。當外來微生物抗原與MHC分子結合形成復合物時，T細胞可被激活，引發後續免疫反應。
MHC通常被稱為人類白細胞抗原（HLA），其相關基因位於6號染色體上。HLA抗原復合物被認為是免疫激活的遺傳決定因素。也就是說，HLA決定了免疫反應的特征，決定了免疫反應的發生和發展。
越來越多的遺傳學研究表明，HLA決定了壹個人對多種疾病的易感性，尤其是自身免疫性疾病。擁有這些易感基因的人比普通人更容易患上自身免疫性疾病。