（壹）貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫、食品安全和進出口商品檢驗法律、法規、規章和政策規定的實施細則、辦法及工作規程；負責所轄區域的出入境檢驗檢疫、鑒定、認證和監督管理等行政執法工作。
（二）負責實施出入境檢疫查驗、傳染病監測、衛生監督、衛生處理、衛生檢疫行政許可審批、口岸傳染病的預防與控制和出入境人員的預防接種、傳染病監測體檢等工作；配合口岸反恐及相關工作。
（三）負責實施出入境動植物、動植物產品、生物物種資源、轉基因生物及其產品和其他檢疫物的檢驗檢疫與監督管理；負責動植物疫情監測、調查等工作；承辦國家質檢總局授權的動植物檢疫審批工作，實施動植物疫情的緊急預防措施。
（四）負責實施進出口商品的法定檢驗和監督管理、進出口商品鑒定；承辦所轄區域非法檢商品的監督抽查；承辦舊機電備案管理；辦理進出口商品免驗和復驗相關工作。
（五）負責進出口食品、化妝品等安全、衛生的監督管理；負責所轄區域出口食品生產企業和出口食品原料種植、養殖基地的備案管理工作；承辦國家質檢總局授權的進境食用性動物產品檢疫審批工作。
（六）負責實施出口商品註冊登記；負責實施國家實行許可制度的進出口商品的驗證工作；負責對進出口產品認證等工作實施監督管理；負責進口廢物原料國內收貨人註冊登記；負責出口危險貨物包裝容器質量許可管理；承擔進出境動植物及其產品的生產、加工、存放單位註冊登記的相關工作。
（七）負責實施出入境交通運載工具、集裝箱及容器的衛生監督、檢疫監督和有關的適載檢驗、鑒定；負責實施和管理出入境交通運載工具、集裝箱、包裝物及鋪墊材料和貨物的衛生除害處理工作。
（八）負責執行國家、國務院有關部門和國家質檢總局的有關檢驗、檢疫的國際協議、協定和議定等；負責轄區內與檢驗檢疫有關的《技術性貿易壁壘協定》和《實施衛生與植物衛生措施協定》的具體實施工作。
（九）負責出入境檢驗檢疫證單、標識和封識的管理；負責出入境檢驗檢疫證書、各類原產地證書的簽證工作。
（十）承辦質檢總局授權的國際動物衛生信息工作，負責國際動物疫情等信息收集、分析、上報；開展所轄區域的出入境檢驗檢疫業務統計分析和進出口商品質量分析，調查和收集國外傳染病疫情、動植物疫情和國際貿易商品質量狀況，提供相關信息。
（十壹）負責對所轄區域內各類進出口檢驗鑒定和認證機構(包括中外合資、合作機構)以及檢疫處理單位、代理報檢企業等社會服務機構的監督管理。
（十二）負責出入境檢驗檢疫科技、標準化和信息化工作，承擔相關的對外合作與交流工作。
（十三）負責人事管理、教育培訓、外事、財務、基建、物資管理、紀檢監察、黨務、審計、精神文明建設與思想政治工作。
（十四）承辦國家質檢總局交辦的其他工作。