1、祖庭不同。
密宗祖庭有西安大興善寺、青龍寺；洛陽大奉先寺、廣化寺。禪宗祖庭有嵩山少林寺、安徽嶽西二祖寺、天柱山三祖寺等。
2、內部派系不同。
密宗可以分為胎藏界和金剛界。禪宗可以分為溈仰宗、臨濟宗、曹洞宗、雲門宗、法眼宗、黃龍派以及楊岐派。
3、傳入中國時間不同。
密宗傳入中國的時間是在公元八世紀。由善無畏阿阇梨、金剛智阿阇梨、不空法師等宗派祖師傳入中國，並傳僧壹行。禪宗傳入中國的時間要早於密宗，時間大約在公元五世紀，由慧可傳承。
4、宗派義理不同。
密宗以密法奧秘，必須經阿阇梨親自灌頂，必須經阿阇梨親自授三昧耶戒，並持執不怠，不經傳授不得互相傳習及顯示非密宗信眾。禪宗主張心性本凈，佛性本有，覺悟不假外求，舍離文字義解，直徹心源。將禪的意味滲透在學人的日常生活裏。
百度百科-禪宗
百度百科-慧可
百度百科-密宗