出身科爾沁部左翼紮薩克(意為執政官)達爾漢巴圖魯親王滿珠習禮家族。祖滿珠習禮，忠親王宰桑子，與卓禮克圖親王吳克善並為孝莊文皇後兄；父綽爾濟，本為科爾沁鎮國公，康熙元年，疑因女為太後故晉封貝勒，康熙九年十二月薨；手足於正史可考者二人，兄鄂緝爾，襲封科爾沁貝勒，妹博爾濟吉特氏，同侍清世祖，康熙十二年，尊封皇考淑惠妃，五十二年十月薨。
順治十年八月，世祖廢元後博爾濟吉特氏為靜妃，廢後，科爾沁左翼卓禮克圖親王吳克善女。十壹年五月，選滿珠習禮孫入宮，封為妃；六月，冊為皇後。後與世祖感情不睦，十三年八月，內大臣鄂碩女董鄂氏入宮，冊為賢妃；十二月，晉董鄂賢妃為皇貴妃，有言董鄂妃原為和碩襄親王福晉，為世祖所奪，襄親王含恨而死。此時，世祖欲再度廢後改立董鄂氏，帝後關系又更加惡劣。十五年正月，因太後不豫，世祖責後禮節疏闕，停用中宮箋表，下諸王大臣議論廢後事宜；三月，因太後旨，事未成。十七年八月，董鄂妃病故，追尊孝獻皇後；十八年，世祖崩。
皇三子玄燁登基，是為康熙帝，尊後為母後皇後，上尊號曰仁憲皇太後，居慈仁宮，後有撫康熙第五子胤祺於宮。康熙二年，康熙帝生母孝康章皇後崩；二十六年，孝莊皇後崩。至孝莊崩前，康熙帝雖晨昏定省，但與嫡母僅保持官方關系，至孝莊崩，帝後母子慟甚，孝惠後哀哭不能起，康熙帝亦割辮哀痛以表孝思，此後，母子二人遂有更進壹步接觸。二十八年，修建寧壽新宮，落成，康熙帝率諸王大臣請太後入居。三十五年，康熙北巡，逢太後壽，奉書稱祝，太後亦遣送衣裘，康熙帝雖因河未冰不能服，仍上書表示待天寒必歡喜服之，又遣送水果幹並土產至宮中，令總管太監顧問行請太後嘗鮮（事見懋勤殿收康熙帝家書）。三十八年，帝南巡，奉太後同行。而後，太後六十壽、七十壽，康熙帝均親制詞賦並大禮以祝，然太後均以尚儉故，停宴飲。
康熙五十二年，太後親妹淑惠妃亡故；時太後老邁，發蒼齒搖，心中不樂，對康熙語曰“牙齒動搖，其已脫落者，則痛止，其未脫落者，痛難忍”，康熙則對曰“太後聖壽已逾七旬，孫及曾孫殆及百余，且太後之孫，皆已須發將白而牙齒將落矣，何況祖母享如此高年。我朝先輩，常言老人牙齒脫落，於子孫有益，此正太後慈闈福澤綿長之嘉兆也”，太後聞言歡喜倍常，笑曰“皇帝此語，凡我老嫗輩，皆當聞之而生歡喜也！”（事見《康熙帝家訓格言》）
五十六年十二月，太後病重，康熙帝亦因廢太子事心力交瘁，頭眩足腫不能行，仍以帕裹足至寧壽宮親奉湯藥，太後昏迷之際，康熙帝跪於床下，捧太後手呼曰“母後，臣在此”，太後聞言，張目而視，不能語，執帝手視之；丙戌，太後崩，康熙號慟欲絕，堅行割辮之禮(割辮原僅用於帝喪)以盡哀思，不亞於孝莊之亡；時有臣子迎上意，以孝康後升祔以久不宜遷動，而欲以孝惠後、孝康後神主並尊祔於廟，大學士王掞曰“陛下聖孝格天，曩時太皇太後祔廟，不以躋孝端上，今肯以孝康躋孝惠上乎？”，後康熙果斥之，令改正，以嫡母神主加於生母之上。
孝惠後崩後，雍正及乾隆年間累加謚，曰孝惠仁憲端懿慈淑恭安純德順天翼聖章皇後。孝惠後葬於世祖孝陵之東，曰孝東陵，世祖、孝康後、孝獻後同葬於孝陵，然康熙帝僅上章字於嫡母、生母，並稱章皇後，同祔大廟，孝獻後則僅能於孝陵祭祀，在康熙年間不知是否因顧慮孝惠後的緣故，於孝獻後生辰祭日亦未派遣使節祭陵，孝惠後亡故後，此後諸帝亦未曾見遣使獨祭孝獻後。