遺傳多樣性缺失：由於天山花楸種群分布相對孤立，加上自然授粉受限等原因，可能導致種群間的基因交流減少，進而引起遺傳多樣性的降低，使得種群抵抗疾病、適應環境變化的能力減弱，從而易於退化。
土壤質量下降：天山花楸生長的森林生態系統中，土壤條件至關重要。長期的自然演替和人類活動，如過度采伐、林地清理、旅遊開發等，可能導致土壤貧瘠、結構破壞、養分流失，尤其是土壤含水量、全鉀含量、容重的變化，這些因素會影響花楸種子萌發和幼苗生長，進而影響種群更新。
氣候變化：全球氣候變化引起的極端天氣事件增多，如幹旱、寒潮等，可能會對天山花楸造成生存壓力，尤其是水分不足會導致其生長受限，嚴重時可能導致種群退化。
病蟲害和生態入侵：自然狀態下，天山花楸可能面臨病蟲害威脅，尤其是壹些新的病原體或外來物種入侵，可能打破原有生態平衡，導致種群健康狀況下降，易發生退化現象。
人為幹擾：過度采摘、放牧等人類活動，也可能直接或間接損害天山花楸的生存環境，影響其正常生長和繁殖，導致種群數量減少和結構失衡，從而引發種群退化。
自然衰老與更新障礙：天山花楸在自然更新過程中，如果幼苗存活率低，成年植株老化死亡後得不到有效補充，種群就會逐漸退化