壹、科目不同
1、松科：松目。
2、柏科：柏目。
二、外形不同
1、松科：常綠或落葉喬木，稀為灌木狀；枝僅有長枝，或兼有長枝與生長緩慢的短枝，短枝通常明顯，稀極度退化而不明顯。葉條形或針形，基部不下延生長；條形葉扁平，稀呈四棱形，在長枝上螺旋狀散生，在短枝上呈簇生狀；針形葉2-5針（稀1針或多至81針）成壹束，著生於極度退化的短枝頂端，基部包有葉鞘。
花單性，雌雄同株；雄球花腋生或單生枝頂，或多數集生於短枝頂端，具多數螺旋狀著生的雄蕊，每雄蕊具、2花藥，花粉有氣囊或無氣囊，或具退化氣囊；雌球花由多數螺旋狀著生的珠鱗與苞鱗所組成，花期時珠鱗小於苞鱗，稀珠鱗較苞鱗為大，每珠鱗的腹（上）面具兩枚倒生胚珠，背（下）面的苞鱗與珠鱗分離（僅基部合生），花後珠鱗增大發育成種鱗。
球果直立或下垂，當年或次年稀第三年成熟，熟時張開，稀不張開；種鱗背腹面扁平，木質或革質，宿存或熟後脫落；苞鱗與種鱗離生（僅基部合生），較長而露出或不露出, 或短小而位 於種鱗的基部；種鱗的腹面基部有2粒種子，種子通常上端具壹膜質之翅，稀無翅或二幾無翅；胚具2-16枚子葉，發芽時出土或不出土。
2、柏科：常綠喬木或灌木。葉交叉對生或3-4片輪生，稀螺旋狀著生，鱗形或刺形，或同壹樹本兼有兩型葉。球花單性，雌雄同株或異株，單生枝頂或葉腋；雄球花具3-8對交叉對生的雄蕊，每雄蕊真2-6花藥，花粉無氣囊；雌球花有3-16枚交叉對生或3-4片輪生的珠鱗，全部或部分珠鱗的腹面基部有1至多數直立胚珠，稀胚珠單心生於兩珠鱗之間，苞鱗與珠鱗完全合生。
球果圓球形、卵圓形或圓柱形；種鱗薄或厚，扁平或盾形，木質或近革質，熟時張開，或肉質合生呈漿果狀，熟時不裂或僅頂端微開裂，發育種鱗有1至多粒種子；種子周圍具窄翅或無翅，或上端有壹長壹短之翅。
三、種類數目不同
1、松科：本科約230余種，分屬於3亞科10屬，多產於北半球。我國有10屬113種29 變種（其中引種栽培24種2變種），分布遍於全國。
2、柏科：柏科***22屬約150種，分布於南北兩半球。我國產8屬29種7變種，分布幾遍全國，多為優良的用材樹種及園林綠化樹種。另引入栽培1屬15種。
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