1、性質不同：衛健委(中華人民***和國國家衛生健康委員會)是國務院組成部門；而衛生部是地方各級醫院的主管部門。
2、職責不同：衛健委(中華人民***和國國家衛生健康委員會)貫徹落實黨中央關於衛生健康工作的方針政策和決策部署，堅持和加強黨對衛生健康工作的集中統壹領導；而衛生部負責制定傳染病和慢性非傳染性疾病的防治規劃。
3、中華人民***和國衛生部，曾是主管衛生工作的國務院原有組成部門之壹，其前身為1949年11月成立的中央人民政府衛生部。中華人民***和國國家衛生健康委員會是國務院組成部門，成立於2018年3月，前身為國家衛生和計劃生育委員會。國家衛生健康委員會貫徹落實黨中央關於衛生健康工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對衛生健康工作的集中統壹領導。