1、性質不同。行政公署是省、自治區人民政府的派出機關，而不是壹級政府，它所管轄的區域不是壹級行政區域。政府性質是人民意旨的執行者和人民利益的捍衛者，是國家權力機關的執行機關。
2、工作不同。行政公署是助行署領導組織協調行署各部門及各縣（市、景區）之間的工作關系，承辦行署各類會議、上下級文傳和行署領導交辦的有關事項。人民政府是地方國家行政機關，對本級人民代表大會和它的常務委員會以及上壹級國家行政機關負責並報告工作。
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法律依據:《中華人民***和國行政訴訟法》第二十五條行政行為的相對人以及其他與行政行為有利害關系的公民、法人或者其他組織，有權提起訴訟。有權提起訴訟的公民死亡，其近親屬可以提起訴訟。有權提起訴訟的法人或者其他組織終止，承受其權利的法人或者其他組織可以提起訴訟。人民檢察院在履行職責中發現生態環境和資源保護、食品藥品安全、國有財產保護、國有土地使用權出讓等領域負有監督管理職責的行政機關違法行使職權或者不作為，致使國家利益或者社會公***利益受到侵害的，應當向行政機關提出檢察建議，督促其依法履行職責。行政機關不依法履行職責的，人民檢察院依法向人民法院提起訴訟。