海警局和海關沒有關系，是兩個單獨的執法機構。
1、海警局：
海警局是中國人民武裝警察部隊下轄的總隊，對外稱為中國海警局，統壹履行海上維權執法職責。2013年，國務院重新組建國家海洋局，國家海洋局以中國海警局名義開展海上維權執法，統壹指揮調度海警隊伍開展海上維權執法活動。
2、中國海關：
中國海關全稱為中華人民***和國海關，是國家的進出關境監督管理機關，統壹管理全國海關，實行垂直管理體制，1949年10月25日正式成立。
中國海關的職能：
中國海關負責全國海關工作、組織推動口岸“大通關”建設、海關監管工作、進出口關稅及其他稅費征收管理、出入境衛生檢疫和出入境動植物及其產品檢驗檢疫、進出口商品法定檢驗、海關風險管理、國家進出口貨物貿易等海關統計、全國打擊走私綜合治理工作。
制定並組織實施海關科技發展規劃以及實驗室建設和技術保障規劃、海關領域國際合作與交流、垂直管理全國海關、完成黨中央國務院交辦的其他任務。