昌德宮始建於朝鮮王朝永樂三年（1405年，朝鮮太宗五年），位於朝鮮王朝首都漢城（今韓國首爾）北嶽山東麓，是作為景福宮之外的離宮建築所修建，被稱為東闕。昌德宮是朝鮮王朝繼洪武二十八年（1395年，朝鮮太祖四年）修建景福宮後，所修建的第二座宮殿。朝鮮太宗即位時，朝鮮首都已經從漢城（今韓國首爾）遷都開城，到永樂二年（1404年）十月，太宗還都漢城，同時下令修建壹座新的離宮。 到第二年（1405年）十月，離宮建成，定名“昌德宮”。 後世解釋其名“昌者盛也，德者道也，盛曰聖，道亦曰聖，有聖然後有道，有道然後必有德，有德然後方可為昌”，因此取名“昌德宮”是“勉人君昌德之意”。 昌德宮創建時設有正殿、報平廳、便殿、正寢廳等建築。永樂九年（1411年，太宗十壹年）增設樓閣、寢殿、石橋（禁川橋），以及議政府朝房。永樂十年（1412年，太宗十二年）建敦化門，設各司朝房。永樂十六年（1418年，太宗十八年）修建朝啟廳，將昌德宮正殿——仁政殿西移到現址，面闊三間擴建為面闊五間。永樂十七年（1419年，朝鮮世宗元年）建仁政殿南行廊。天順五年（1461年，朝鮮世祖七年）命名了昌德宮內的主要殿閣，天順七年（1463年，世祖九年）大幅向外擴建宮墻。成化十壹年（1475年，成宗六年）命名了主要宮門。
朝鮮王朝前期，國王使用的主要是景福宮，昌德宮使用較少。朝鮮太祖李成桂正是在昌德宮過世。到朝鮮成宗、燕山君以後使用昌德宮變得頻繁起來。萬歷二十年（1592年，朝鮮宣祖二十五年）爆發壬辰倭亂，日本大舉侵略朝鮮，昌德宮、昌慶宮與正宮景福宮壹道在混亂中被全部焚毀。 壬辰倭亂後來在朝鮮及明朝軍隊的援助下得到平息，朝鮮宣祖還都漢城後並沒有重修景福宮或是昌德宮，而是以月山大君宅邸作為臨時宮殿，稱為慶運宮（今德壽宮）。光海君即位後，重建宮闕還是提及議事日程。由於景福宮規模太大（有宮殿782間），財力有限，因此優先重建規模比較小（宮殿238間）的昌德宮。萬歷三十七年（1609年，光海君元年），光海君重建昌德宮。但是這座新宮也在仁祖反正時燒毀。順治四年（1647年，仁祖二十五年）再次重建昌德宮。為此拆毀了光海君在仁王山腳下為仁穆大妃建造的仁慶宮，將其中大多數殿宇拆建到昌德宮中。
根據《昌德宮修理都監儀軌》的記載，仁祖朝重建昌德宮時，將仁慶宮光政殿移建為昌德宮宣政殿，仁慶宮慶壽殿、弘政殿移建為昌德宮大造殿，和政堂移建為熙政堂。此外還將仁慶宮慶極堂移建為寶慶堂，青瓦家移建為通明殿，無逸堂移建為養和堂，慶運堂移建為延禧堂，獻箴堂移建為演慶堂，壽縷堂和備邊司移建為景春殿，慶壽殿後行閣移建為涵仁亭，正順堂移建為澄光樓，仁德堂移建為太和堂，慶寧殿移建為昭德堂。拆除弘政門南月廊修建了仁政殿東月廊。此外還拆除仁慶宮其他殿閣、門廊，修建了儲承殿（世子東宮，英祖年間燒毀後未重建）、玉華堂、靜然堂、燒廚房、燈燭房、別監廳等建築。 萬歷四十六年（1618年，光海君十年），朝鮮王朝正宮從慶運宮轉移至昌德宮，之後250年裏，昌德宮取代景福宮，壹直作為朝鮮的正宮使用。在仁祖時期，同權臣金自點勾結的後宮趙貴人曾在昌德宮和昌慶宮中埋下幼兒骨頭和從墓地挖來的樹，詛咒還是王世子的孝宗李淏和莊烈王後，以讓自己的兒子崇善君即位。因此朝鮮孝宗即位後，對昌德宮和昌慶宮展開了修理工程，將兩處宮殿所有殿堂的溫突（地炕）全部拆開，重換泥土，重鋪殿磚。工程從順治九年（1652年，朝鮮孝宗三年）二月十六日開始，三月二十五日結束。由於預算不足，因此征發了兩千名僧人，分配到仁慶宮和關帝廟居住，參加清理工程。由於在地下不斷挖出兇惡汙穢之物，因此工程結束後很久，朝鮮孝宗也沒有還宮於此，而是居住在慶運宮中。
為了供養慈懿大妃，順治十壹年（1654年，孝宗五年）修繕了昌德宮的壽靜堂，並拆毀慶德宮（今慶熙宮）的欽敬閣、齊政堂、丕顯閣、觀文閣、協和樓、承暉樓、魚藻堂、萬祥樓等建築，在昌德宮仁政殿後面原欽敬閣的位置建造了萬壽殿和春暉殿。 康熙四十三年（1704年，朝鮮肅宗三十年）在昌德宮後苑修建了祭祀明朝皇帝的大報壇。朝鮮正祖時，又在昌德宮後苑的宙合樓設立了奎章閣，作為王室圖書館，聞名遐邇。
嘉慶八年（1803年，朝鮮純祖三年）十二月十三日傍晚，處理日常政務的昌德宮便殿——宣政殿西行廊失火，延燒至宣政殿和昌德宮正殿——仁政殿，並且威脅到仁政殿西邊供奉歷代先王禦真的璇源殿。這次火災給大王大妃貞純王後金氏造成很大打擊，在火災之後十五天下旨停止垂簾聽政。嘉慶九年（1804年，純祖四年）八月開始重建仁政殿，四個月後竣工。 嘉慶二十五年（1820年，純祖二十年），繪制了《東闕圖》，成為目前唯壹全面描繪古代昌德宮的圖像資料。
道光九年（1829年，純祖二十九年）八月壹日午時，在為孝明世子舉行葬禮時，昌慶宮發生火災。正當為重修昌慶宮籌措經費時，昌德宮又在道光十年（1830年，純祖三十三年）十月十七日發生大火。火災起於寢殿大造殿，延燒至熙政堂、澄光樓、景薰閣、玉華堂、養心閣、隆慶軒、興福軒、齊政閣、靜默堂、克綏齋、清香閣、集祥門、觀光廳、燒廚房、行閣門等處。這是壬辰倭亂之後朝鮮宮殿最大的壹次火災，內宮地區全部化為灰燼。此時純祖居住在慶熙宮，因此昌德宮處於閑置狀態。由於昌德宮是當時朝鮮僅有的大型宮殿，當作正宮使用，因此火災之後十日就開始重建工作。首先修復了大造殿、熙政堂、以及保存明神宗賞賜禮物的澄光樓（下層為景薰閣）。翌年修復了興福軒、隆慶軒、玉華堂、養心閣、齊政閣、靜默堂、克綏齋、清香閣、集祥門、宣平門、協陽門、曜輝門、同春門等建築。修復工程***用體木2000株、大圓木3000株、樓柱2000株，均采伐自江原道的金城、寧越、浪川、麟蹄等地。為了籌備木材，下達了禁止入山的封山令。到道光十四年（1834年，純祖三十四年）九月，昌德宮重修最終完成。 同治四年（1865年，朝鮮高宗二年）四月，攝政的興宣大院君決定重建景福宮，同治六年（1867年，高宗四年）十壹月·，景福宮建成，次年（1868年）七月王室正式移禦景福宮，從此正宮移轉，昌德宮再度成為離宮。不過期間亦時有波折，同治十三年（1874年，高宗十壹年），由於景福宮發生爆炸事件，王室再次遷移至昌德宮。光緒八年（1882年，高宗十九年）六月，由於昌德宮發生了“馬入宮中”的不祥之兆，於是高宗決定遷回景福宮，然而由於“壬午兵變”的爆發而中止了移駕計劃，繼續住在昌德宮。光緒十年（1884年，高宗二十壹年）十二月，“甲申政變”爆發，昌德宮成為了清日兩軍的戰場而遭到損壞，於是在次年（1885年）正月王室移駕景福宮。此後20余年的時間裏，昌德宮幾乎被廢棄，荒草萋萋。隆熙元年（1907年），大韓帝國純宗李坧攜純貞孝皇後尹氏、皇太子李垠從慶運宮（德壽宮）移駕昌德宮，此後，昌德宮成為了朝鮮王朝末代皇室的居所。隆熙四年（1910年）8月22日，在昌德宮興福軒召開大韓帝國最後壹次禦前會議，會議決定日韓合並。隨著《日韓合並條約》的簽訂，大韓帝國暨延續五百年的朝鮮王朝滅亡，朝鮮純宗繼續住在昌德宮，稱“昌德宮李王”。大正六年（1917年，純宗十年）昌德宮又發生火災，其後重建了大造殿和熙政堂，但已不是復原，而帶有濃厚的日本風格。純宗去世後純貞孝皇後尹氏和李垠之妻李方子先後居住在昌德宮樂善堂，直到1989年。
1954年以後，昌德宮被大韓民國政府收歸國有，並逐漸對公眾開放。1963年被韓國政府指定為史跡第122號，其中昌德宮仁政殿為列為大韓民國國寶。1997年在意大利那不勒斯舉行的聯合國教科文組織世界遺產委員會上，昌德宮與水原華城壹被列入世界文化遺產。 昌德宮在重建時以原來的模樣作為參照，故仍能保持最初的風格，現存13座建築、28個亭子。昌德宮有很多的歷史及建築價值，韓劇《大長今》也曾經在宮內的芙蓉池取景。由於屬世界文化遺產，故實行文化遺產導遊陪同制度，必須參觀制定的導遊團才能入宮參觀，而每逢星期四另設有自由參觀制，旅客可自行入宮參觀，但入場費較貴，故以參加導遊團較佳。