壹、指代不同
1、計算機工程：是將軟件設計與硬件設計壹體化，並結合電力電子學的壹門專業。
2、計算機科學：研究計算機及其周圍各種現象和規律的科學，亦即研究計算機系統結構、程序系統（即軟件）、人工智能以及計算本身的性質和問題的學科。
二、培養目標不同
1、計算機工程：培養掌握現代電子、自動控制、電力工程以及計算機技術的基礎理論及技術，能從事現代電子系統的開發設計、工藝控制、智能設備的軟硬件開發以及電力電子系統設計的高級應用型技術人才。
2、計算機科學：具備計算機及相關設備的維護與維修、行業應用軟件、平面圖像處理、廣告設計制作、動畫制作、計算機網絡及網站建設與管理、數據庫管理與維護等應用能力和操作能力的高等技術應用性人才。
三、課程不同
1、計算機工程：在郵電、通信、金融、電力部門以及電子信息與計算機應用領域的高新技術企業從事科研開發和技術管理工作，也可在高等院校、科研機構從事教學與科研工作。還可以在政府機關和國民經濟的許多領域從事電子信息系統的維護管理工作。
2、計算機科學：計算機應用基礎、計算機組裝與維護、計算機局域網絡的建設與管理、網絡工程、操作系統、服務器、數據庫的開發與應用、網站建設與網頁設計、C/C++語言、Visual Basic語言、平面設計、3D圖形設計、多媒體設計、專業英語。
百度百科-計算機科學
百度百科-電子與計算機工程專業