作為RNA病毒,PRRSV的基因在合成時容易出現內在性錯誤,可出現點突變、刪除、添加和毒株間基因重組,因此,PRRSV的基因容易發生變異,不同分離株之間基因組存在廣泛變異。依據血清學及基因序列分析將PRRSV分為兩種基本基因型,以LV型為代表的歐洲型和以VR-2332為代表的北美洲型,兩種的核苷酸序列同源性約為60%。通過序列分析顯示,美洲型毒株間的變異明顯大於歐洲型毒株間的變異。PRRSV在豬體內持續感染過程中,會出現病毒亞種或亞群。
國外的研究表明,同壹基因型的PRRSV分離毒株之間存在明顯的序列差異,特別是在基因組ORF1a的nsp1b和nsp2,ORF3和ORF5的變異性很大。我國已發現nsp2的變異主要表現在氨基酸的缺失,此次發現的高致病性豬藍耳病就是由nsp2缺失30個氨基酸的變異株引起的。