北京邊檢總站機關設辦公室、政治處、督察處、後勤處、業務處和技術處。機關直屬單位設培訓中心、技術保障隊、服務中心和門診部。下轄北京鐵路西客站出入境邊防檢查站、邊防檢查壹隊、邊防檢查二隊、邊防檢查三隊、邊防檢查四隊、特殊勤務檢查隊和遣返審查所。負責首都國際機場、北京鐵路西客站火車站的出入境邊防檢查及北京周邊機場的臨時出入境邊防檢查任務。
北京邊檢總站為維護國家主權、安全和社會秩序，履行下列職責：
（壹）對出境、入境的人員及其行李物品、交通運輸工具及其載運的貨物實施邊防檢查；
（二）按照國家有關規定對出境、入境的交通運輸工具進行監護；
（三）對口岸的限定區域進行警戒，維護出境、入境秩序；
（四）執行主管機關賦予的和其他法律、行政法規規定的任務。