1938年9月4日，希特勒撤銷了帝國軍事部，將原軍事部的國防軍局改組擴編為“國防軍統帥部”(以下有時簡稱“統帥部”)，直接隸屬於希特勒。國防軍統帥部是“領袖兼國防軍最高司令”希特勒的軍事參謀部，直接根據希特勒的命令遂行各項任務。國防軍統帥部參謀長是國防軍統帥部(參謀部)的首腦，與帝國政府的部長同級。在有關國防軍的問題上，他是希特勒的代表和唯壹的顧問。他受希特勒的委托行使原來屬於軍事部長的部分權力。他無權指揮國防軍陸、海、空三軍。三個軍種的總司令直屬希特勒領導。
1938-1945年德軍最高指揮系統表
①它的正式名稱是“領袖兼帝國總理的國防軍副官辦公室”有時亦稱“領袖兼國防軍最高司令的副官辦公室”或”領袖的國防軍副官辦公室”。希特勒的歷任首席副官是：霍斯巴赫，1934年8月3日-1938年1月28日；施蒙特，1938年1月28日-1944年7月20日；布格多夫步兵上將，1944年7月20日-1945年4月30日，後自殺。希特勒的首席副官自1942年9月30日起兼陸軍人事局局長。
②1929年1月29日-1945年4月25日，希姆萊任黨衛隊帝國司令。
③帝國軍械部於1940年3月設立，1943年9月2日改名為“帝國軍備與戰時生產部”。歷任部長是：托特，1940年3月17日-1942年2月8日；施佩爾，1942年2月9日-1945年5月23日。
④帝國內閣防務委員會於1939年8月30日設立，戈林任主席。
⑤自1941年12月19日起，希特勒自己兼任陸軍總司令。
國防軍統帥部自成立到1945年5月被取締，其組織機構幾經擴充和調整，各機構的名稱、任務和隸屬關系也時有變化。
國防軍統帥部的主要機構有：國防軍中央處；國防軍指揮局；外國與諜報局；國防軍總務局；國防經濟局，國防軍法律處；國防軍統帥部參謀長司法辦公室；帝國軍事法院；國防軍福利與供給法院。此外，統帥部還先後設有下述直屬單位：經濟戰與經濟鬥爭措施特別參謀部；國防軍預算處；國防軍衛生勤務主任，1943年設立，由陸軍衛生監察長兼任；國防軍車輛勤務主任，1943年設立，1944年兼任車輛勤務全權代表(下轄空軍組和海軍組)和主管車輛使用與統計工作的領袖全權代表，1944年歸新設立的“摩托化司”領導；摩托化司，1944年5月1日設立，下轄國防軍車輛勤務主任、摩托化勤務主任(1944年4月從陸軍總務局分出，後被取消)、摩托化處(1944年9月設立)、修理勤務主任(1944年從陸軍總務局分出)、修理勤務主任特別委員會(1944年設立)和車場部隊高級軍官(1944年4月從陸軍總務局分出，後被取消)；國防軍統帥部第壹特命將官，1943年設立，是統帥部專管國防經濟檔案工作的將官；國防軍統帥部第二特命將官，1943年設立；國防軍統帥部第三特命將官，1943年設立，1944年改用別名；國防軍戰俘勤務總監察長，1944年設立；國防軍巡邏勤務主任，1944年設立；領袖大本營戰鬥指揮官，1944年設立；領袖大本營設營指揮官，1944年設立；主管軍事歷史編纂工作的領袖代表，1944年從國防軍指揮參謀部分出；國防軍統帥部戰史處，1944年從國防軍指揮參謀部分出；駐波希米亞與摩拉維亞帝國保護長官的國防軍全權代表，1939年設立，1943年改名為“駐波希米亞與摩拉維亞軍區帝國保護長官和司令的國防軍全權代表”，1944年又改名為“主管波希米亞與摩拉維亞事務之德國國務部長的和波希米亞與摩拉維亞軍區司令的國防軍全權代表”；駐荷蘭國防軍司令，1941年設立；駐挪威國防軍司令，1941年設立；東南線國防軍司令，只存在於1941年；駐“東方國”國防軍司令，1941年設立，1944年撤銷；駐烏克蘭國防軍司令，1941年設立，1944年撤銷；駐丹麥國防軍司令，1944年設立；東南線總司令，1943年設立；南線總司令，1943年設立；西線總司令，1943年設立，西南線總司令，1944年設立；東南線軍事司令，1944年設立；德國停戰委員會，1941年設立，起初只稱“停戰委員會”；國防軍統帥部參謀長的陸軍參謀長，又稱“駐國防軍統帥部的陸軍參謀長，1943年設立；負責審查戰時軍隊合理使用的領袖特派代表，只存在於1943年，由馮·翁魯步兵上將擔任；駐勞動事務總全權代表處的國防軍統帥部代表，1944年設立；國防軍統帥部參謀長和帝國軍備與戰時生產部長之間的聯絡軍官，1944年設立；斯洛伐克保護區指揮官，存在於1941年和1943年；駐斯洛伐克國防部的德國將軍，1943年設立；駐斯洛伐克的德國將軍，1944年設立；駐羅馬尼亞的德國國防軍代表團團長，1941年設立；駐羅馬尼亞軍隊統帥部的德國將軍，1943年設立；駐薩格勒布的德國將軍，1941年設立；駐克羅地亞的德國全權將軍，1944年設立；駐意大利軍隊大本營的德國將軍，1943年設立；德國國防軍駐意大利的全權將軍，1944年設立；駐芬蘭軍隊統帥部的德國將軍，1943年設立；駐保加利亞的德國軍事代表團團長，1944年設立，於同年9月15日撤銷；德國國防軍駐匈牙利的全權將軍，1944年設立；主管國防軍組織統壹化工作的領袖特派代表，1944年設立，由齊格勒炮兵上將擔任；第壹、第二和第三憲兵隊司令 [ 註：1944年，陸軍總參謀部組建了第壹、第二和第三憲兵隊，國防軍統帥部也相應地設立了第壹、第二和第三憲兵隊司令的官職。 ] ，1944年設立；駐多瑙河地區特別全權代表，1944年設立；國防軍學院，戰爭期間停辦。