第二，總體性統籌原則。壹要總體統籌職能設置。構建經濟調節、市場監管、社會管理、公***服務職能錯落有致的服務型政府職能架構。二要總體統籌權力配置。加強國務院最高領導層對各部門的統籌能力，同時合理劃分國務院與地方政府人權、財權、事權的權限。三要總體統籌各種關系。統籌城鄉發展、區域發展、經濟社會發展、人與自然和諧發展、國內發展和對外開放，統籌中央和地方關系，統籌個人利益和集體利益、局部利益和整體利益、當前利益和長遠利益。四要總體統籌府際改革，形成國務院機構改革與地方政府機構改革的協調張力。
第三，系統性集中原則。壹是整合職能。有機合並相近職能，避免職能交叉，相互扯皮。二是整合權責。健全政府權責體系，形成部門間和層級間合理的權責構成。三是整合機構。減少管理環節和層次，優化結構。四是整合機制。整合大部門內部的運行機制，降低協調成本，提高行政效能。
第四，制約性協調原則。壹是國務院整體（國務院和部門及部門之間）決策權、執行權與監督權的制約性協調。二是部門內部的決策權、執行權與監督權的制約性協調。三是中央與地方政府之間的決策權、執行權與監督權的制約性協調。
第五，總攬性分別原則。壹是要進行改革的總體設計，形成包括中央和地方政府，近期和遠期改革的整體方案。二是要實行分層要求，對國務院和省市以下政府改革既要明確***同性，又要有不同針對性。三是要實行分類指導，對東部、西部、中部和東北地區政府改革提出適應地區經濟社會發展狀況的指導。四是要實行分步實施，既要考慮改革目標的實現，又要考慮改革的現實可操作性，盡可能減少改革所帶來的負面效應和消極成本。