治理藍藻最有效的方法有放養濾食性魚類、使用高質量微生態制劑、引進優良藻類抑制其生長、引水換水、人工打撈等。
1、放養濾食性魚類
雖然藍藻不易被消化，但由於其顆粒較大，更容易被濾食性魚類攝食到體內，因此放養壹定數量的濾食性魚類有助於延緩、阻礙藍藻的生長，可供選擇的魚類有白鰱、花鰱、白鯽等。
2、使用高質量微生態制劑
使用芽孢桿菌、乳酸菌等降解池塘水體過多有機質，這些微生態制劑和藍藻競爭生態空間，可以穩定水體，促進綠藻等有益藻類生長。
3、引進優良藻類抑制其生長
小球藻是優良藻種，是在抑制藍藻過程中最常見也最有效的產品，但在使用時要註意控溫，適合小球藻生長的溫度為20-30℃，在此溫度下，小球藻會快速繁殖增長，整個生命周期在12天左右。
4、引水換水
對於含有較多藍藻的池塘，經常大量地換新鮮水，可稀釋藍藻的濃度，同時也可稀釋藍藻分泌的藻藍素等有毒物質的濃度，促進其它藻類的生長，保持整個生態系統的動態平衡。
5、人工打撈
人工打撈是控制藍藻總量最直接的方式，能有效減輕局部水華災害，而且在收獲藻類的同時還能起到輸出營養物的作用，減輕藻體死亡分解引起的藻毒素汙染。