大櫻桃的根按其發生部位不同可分為主根、側根和不定根。主根是砧木種子的胚根發育而成的。在主根上發生的分支，以及分支再長出的分支叫側根。從莖基部萌生的根叫不定根。
按根的來源不同可分為實生根和莖源根。播種繁殖的砧木苗，先長出胚根，然後發生側根，形成的根系稱實生根。扡插繁殖或分株繁殖的砧木，其根系是由插條基部或母株的不定根形成，這類根叫莖源根。
大櫻桃的根系結構及分布特點因砧木種類和苗木繁殖方式不同而異。中國櫻桃的須根發達，在土壤中水平擴展範圍廣。例如，在草櫻桃上嫁接的27年生大櫻桃，其水平根擴展範圍達11米，約超過樹冠的2.5倍。但是，草櫻桃的根系在土壤中分布淺。據觀察，在沖積性土壤中，其骨幹根和須根僅分布在5～35厘米深的土層中。所以，草櫻桃砧的固定性差，在雨季積水或大風天氣易造成大樹倒伏。馬紮德櫻桃和青膚櫻也具有淺根性。而馬哈利和毛把酸的主根發達，根系分布較深，固地性強。目前國內外廣泛應用的半矮化砧考特也具有根系發達，抗風力強的優點。
不同的砧苗繁育方式對根系的結構有明顯影響。播種繁殖的實生苗，骨幹根特別是垂直根發達，根系分布較深。而扡插或分株繁殖的砧苗水平根發育較強健，須根量大。但垂直根不發達，根系在土壤中分布較淺。
另外櫻桃的根系中也有菌根。