壹、指代不同
1、全文搜索引擎：從互聯網上提取每個網站的信息（主要是網頁文本），檢索符合用戶查詢條件的相關記錄，然後按壹定順序將結果返回給用戶所建立的數據庫。
2、目標索引搜索引擎：是壹種以網頁形式查找網絡資源的網絡信息檢索工具。
二、特點不同
1、全文搜索引擎：以文本、語音、圖像等各種數據為對象，提供基於數據內容而非外部特征的信息檢索，具有對海量數據進行有效管理和快速檢索的特點。
2、目標索引搜索引擎：使用自動索引軟件收集和標記Web資源，並將這些資源存儲在數據庫中，當用戶輸入關鍵字時，在數據庫中找到與關鍵字匹配的記錄，並根據相關程序排序後顯示輸出。
三、影響不同
1、全文搜索引擎：是搜索引擎的核心技術，也是電子商務網站的支撐技術，全文檢索技術可應用於企業信息網站、媒體網站、政府網站、商業網站、數字圖書館和搜索引擎。
2、目標索引搜索引擎：數據庫是由自動索引軟件生成的，其中包含的網絡資源範圍廣，更新速度快，及時，但由於缺乏人工幹預，準確性差，這種搜索工具適合於查找特定信息和特定問題，具有很強的特異性或難以明確分類，如百度搜索引擎。
百度百科-索引型搜索引擎
百度百科-全文搜索引擎