日本奧林匹克委員會為了和各東亞地區的國家及地區奧林匹克委員會之間得到更多增進體育及文化交流的機會，“東亞地區運動會”的意念在1991年09月15日的第壹屆東亞各奧委會聯席會議上正式被提出。
1991年11月6日在北京召開的第二屆東亞各奧委會聯席會議上正式通過以兩年主辦壹屆東亞運動會，同時確定了第壹屆東亞運動會於1993年由上海主辦。第壹屆東亞運動會在1993年5月9日於上海舉行，***9個國家和地區的代表團參加了12個體育大項的比賽。
1995年，原本於朝鮮平壤舉行第二屆東亞運動會臨時因經濟因素而被迫取消，東亞運動會總會從而把運動會由原本每兩年舉辦改為每四年舉辦；同時，“第三屆東亞運”主辦城市釜山取而代之成為第二屆東亞運東道主。翌年3月於關島舉行的第11屆東亞運動會總會會議，澳門取得第三屆東亞運動會的主辦權，後因日本提出希望以東亞運動會振興阪神大地震後的經濟，故決議由大阪主辦第三屆，澳門則改主辦第四屆。
東亞運動會盡管參賽的國家和地區為數不多，但由於亞洲體育三強中、日、韓的積極參與，某些項目具有相當高的運動技術水平。從第二屆東亞運動會所取的的成績可以看到，東亞乃至亞洲的體育水平都在不斷提高。
自第七屆起，東亞運動會將改革為東亞青年運動會，參賽運動員的年齡原則上在14－18歲之間。首屆東亞青年運動會將在2019年舉行。