兔腦炎原蟲是由微粒子科的兔腦原蟲寄生於腦內引起的慢性原蟲病，通常呈隱形感染，本病在很多兔場廣泛發生。兔腦炎原蟲具有廣泛的宿主，包括無脊椎動物、嚙齒類動物、兔形動物、草食動物、肉食動物和靈長類等。其中家兔的感染率最高。消化道是主要感染途徑，經胎盤傳染也有可能，病兔的尿液中含有兔腦炎原蟲，也可傳染本病。本病廣泛分布於世界各地，我國也有報道，發病率為15%～76%。
本病壹般為慢性或隱性感染，癥狀為衰弱，體重減輕，出現尿毒癥；嚴重者出現神經癥狀，如驚厥、顫抖、斜頸、麻痹、昏迷、平衡失調及腹瀉、蛋白尿等。有時見腦炎和腎炎癥狀。病末期出現下痢，後肢背毛被汙染，引起局部濕疹，在3～5天內發生死亡。呈隱性感染的病兔大多不表現臨床癥狀，只有當天氣變化或者使用免疫抑制劑時才表現臨床癥狀。病兔死後剖檢發現腎表面密布針尖大的白色小點，或有灰色小凹陷。如腎臟受害嚴重，則表面呈顆粒狀或高低不平。腦內出現肉芽腫，肉芽腫中心發生壞死，有多量腦炎原蟲。
目前尚無有效的治療該病的化學藥物，也沒有用於免疫註射的疫苗，用抗血清治療有壹定的效果。也有人報道，用煙曲黴素和氟苯噠唑治療（20毫克/千克體重/日）對本病有壹定的效果。預防主要是加強壹般衛生防疫，改善衛生狀況，清除患病兔和可疑病兔，以便凈化兔群。屠宰時發現特征性病變或者檢出病原應對兔腦及內臟進行無害化處理。