和電負性極強的原子比如氧、氮、氟相連的氫原子可以作為氫鍵供體，也就是分子中的N-H和O-H。電負性極強的原子比如氧、氮、氟自己是氫鍵受體。
氫原子與電負性大的原子X以***價鍵結合，若與電負性大、半徑小的原子Y（O F N等）接近，在X與Y之間以氫為媒介，生成X-H…Y形式的壹種特殊的分子間或分子內相互作用，稱為氫鍵。
[X與Y可以是同壹種類分子，如水分子之間的氫鍵；也可以是不同種類分子，如壹水合氨分子（NH3·H2O）之間的氫鍵]。
在蛋白質的a-螺旋的情況下是N-H…O型的氫鍵，DNA的雙螺旋情況下是N-H…O，N-H…N型的氫鍵，因為這些結構是穩定的，所以這樣的氫鍵很多。此外，水和其他溶媒是異質的，也由於在水分子間生成O-H—…O型氫鍵。因此，這也就成為疏水結合形成的原因。