北京生科院以瞄準國家戰略目標和現代生命科學重大前沿，推動學術交流和學科交叉融合，提高整體科技創新能力，促進生物技術的產業化，為我國生命科學和生物技術的發展做出突出貢獻為宗旨，定位於科研、管理、服務三大方向。發揮京區七個研究所的優勢，完善學科結構布局、策劃和醞釀重大研究項目，開展原始性和集成性創新研究，實現中國科學院北京地區生命科學隊伍的大聯合、大協作。北京生科院致力於建設和完善大型公***支撐及服務平臺和基礎設施，加強院校、院地、院企合作及國際合作，同時，促進知識創新、科研成果及技術的轉移轉化，以為我國生命科學的發展做出系統性、前瞻性和基礎性的創新貢獻。
北京生科院設有精幹的行政辦公機構，負責研究院的日常管理和協調各研究所的關系，制定北京生科院的發展戰略和規劃，策劃醞釀重大的原始性和集成性創新研究項目，向國家有關部（委）和中國科學院提出建議。
北京生科院聘請生命科學領域及交叉學科領域享有國內外聲望的著名專家組成學術委員會，負責審議北京生科院的發展戰略和規劃、重大研究項目建議、交叉研究項目申請報告、北京生命科學論壇議題遴選等重要學術事宜，並對北京生科院重大事宜提出咨詢意見。
北京生科院領導與各所屬研究所所長定期舉行院、所長聯席會議，商討研究院發展戰略、所際間的聯合與合作、大型公***平臺和基礎設施***享與管理事宜等。
北京生科院建立與交叉學科相關的開放、虛擬以及國際合作研究中心。建立的生物信息學研究中心、化學生物學研究中心、幹細胞研究中心及合成生物學研究中心等開放研究中心，吸引科學家充分利用其研究平臺開展跨學科研究。虛擬研究中心包括交叉科學中心、戰略發展研究中心、免疫學研究中心、全球變化生物學研究中心等，通過項目牽引，開展跨所和跨學科的科學研究。以中美生命科學聯合研究中心、中日研究中心、中德研究中心、中加研究中心等為代表的國際合作中心，通過多種形式及途徑的合作模式，加強科研人員的國際交流，促進國際合作，提高科研創新能力。
北京生科院努力為科研工作提供良好的支撐服務，建立大型公***支撐平臺和公***服務中心為北京生科院重要的工作任務及職能之壹。通過建設大型公***支撐平臺和公***服務中心的***享機制，提高科研服務的水平與層次，同時，積極推動科研成果及生物技術的轉移轉化，利用集成型研究成果進行項目融資和產業化運作。
北京生科院創建北京生命科學論壇及學術年會，遴選高水平學術會議，推動學科交叉與融合。
北京生科院致力於研究生綜合素質的提高與優秀人才的培養，為研究生開設生命科學和生物技術精品課程和前沿交叉領域講座。
北京生科院的建立，時逢國家中長期科技發展規劃綱要頒布實施和中國科學院知識創新工程第三階段，這為北京生科院的建設和發展提供了新的機遇與的挑戰。北京生科院將牢記建院宗旨與使命，立足於國家戰略發展需求，努力在我國生命科學與生物技術發展中發揮骨幹引領和示範帶動作用，為我國生命科學和生物技術的發展做出突出貢獻。
研究中心
開放研究中心 :
北京生科院將建立直屬的開放研究中心，包括生物信息學研究中心、化學生物學研究中心、幹細胞研究中心等。北京生科院建立的開放研究中心只配備少數的技術支撐人員，面向各研究所開放，為研究所科研人員提供技術支撐和技術服務, 吸引科學家充分利用該研究平臺開展跨學科研究。
虛擬研究中心:
北京生科院還將建設若幹虛擬研究中心，如免疫生物學研究中心、交叉科學中心、戰略發展研究中心、全球變化生物學研究中心等，為科研人員提供定期開展特定科學問題研討和信息***享的平臺。虛擬中心主要發揮促進學術交流和合作的作用，通過幹（dry）濕（wet）實驗室和實虛實驗室的結合，推動學科的交叉和創新能力的提升。研究所的科研人員的濕實驗室保留在原研究所。北京生科院負責建立交流和信息***享平臺，通過項目牽引，開展跨所和跨學科的科學研究。
國際交流合作中心:
北京生科院還將建成壹系列的國際交流合作中心，目的是以整體形象促進國際合作。目前已建成中美生命科學研究中心. 中美生命科學研究中心是中科院北京生科院與美國內布拉斯加大學醫學院等美國高校聯合建立的虛擬研究中心，並不斷吸收新的美國高校加入。該中心的主要任務是加強中國科學院與美國高校之間在生命科學領域的學術交流，推動發展雙方的戰略夥伴關系。該中心的主要學術交流形式是在中國和美國交替舉行的學術年會。第壹屆年會已經於2008年10月在北京舉辦，主題是“神經與免疫”。第二屆年會即將與2009年9月在美國Omaha舉辦，主題是“免疫與腫瘤”。除了學術年會，雙方科研人員還可通過網上交流平臺（建設中）進行科學思想、實驗思路、技術難題等方面的信息***享。