1.選址考察地質、地貌、水文、自然資源、人文資源、有關法律及公眾意見。應因地制宜，盡量選擇有壹定自然坡度的窪地或經濟價值不高的荒地，壹方面減少土石方工程、利於排水、降低投資，另壹方面防止對周圍環境產生影響。
2.確定系統組合形式根據場地特征、處理要求和所處理汙水的性質來確定。單壹式、並聯式、串聯式、綜合式。
3.確定水力負荷 根據文獻或經驗而定。
4.選擇植物根據濕地植物的耐汙性能、生長能力、根系的發達程度以及經濟價值和美觀等因素來確定。壹般有蘆葦、席草、大米草、水葫蘆、水花生等，最為常用的是蘆葦，插植密度為1~3株/m2。
5.計算表面積 As=Q/a：As—表面積；Q—進水流量；a—水力負荷。
6.確定長寬比：根據達西定律Q=Ks*A*S
S—水力坡度；A—濕地床橫截面積；Ks—潛流滲透系數。或厄剛公式As=5.2Q[LN（So-Se）]，So—進水BOD濃度；Se—出水BOD濃度；As—濕地床表面積。
7.結構設計
（1）進出水系統的布置：濕地床的進水系統應保證配水的均勻性，壹般采用多孔管和三角堰等配水裝置。進水管應比濕地床高出0.5m。濕地的出水系統壹般根據對床中水位調節的要求，出水區的末端的礫石填料層的底部設置穿孔集水管，並設置旋轉彎頭和控制閥門以調節床內的水位。
（2）填料的使用：濕地床由三層組成表層土層、中層礫石、下層小豆石。表層土鈣含量在2~2.5kg/100kg為好；礫石層粒徑在5~50mm，鋪設厚度0.4~0.7m。
（3）潛流式濕地床的水位控制：當接納最大設計流量時，進水端不能出現雍水現象；當接納最小流量時，出水端不能出現填料床面的淹沒現象；有利於植物生長，床中水面浸沒植物根系的深度應盡可能均勻。
8.編制施工計劃
9.修改設計根據出現的問題對設計進行相應的修改。
10.施工
11.試運行
12.竣工交付使用