故事的結局是，控制所有光暈的方舟被毀，7個光暈失效。人類開始重建家園，所有被釋放的蟲族因失去首領(屍腦獸)而不能生存，星盟徹底瓦解，神風烈士成為精英族的首領，和另壹個英雄精英艦長“半嘴”瓦圖米壹起回到自己的家園。遊戲的最後壹段動畫顯示，方舟之戰後士官長和神風烈士在最後關頭駕駛戰車沖上戰艦，並開返地球，但是在進入斷層空間的時候戰艦意外地被切為兩半，神風烈士所在的前半部分戰艦返回了地球，而士官長所在的失去動力的後半部分戰艦則到達了壹個未知的星球，在失去重力的世界中孤獨地飄浮著。士官長進入了冷凍休眠狀態。