曾參予百日維新後來成為改良派領袖的康有為在海外發表了《答南北美洲諸華商論中國止可行立憲不可行革命書》，闡述了他反對革命排滿、主張立憲保皇的立場。康有為寫這封信，是因為南北美洲華僑中的保皇會會員曾對康談到他們向往革命。他們認為，保皇會壹向忠心保皇，但清王朝卻緝捕保皇會員，對其或殺或監，既然這樣，不如“以鐵血行之，仿效華盛頓革命自立，或可以保國民。”於是康有為寫了這封復信加以反對。他在復信中說，要把慈禧、榮祿之流與光緒皇帝區別開來，慈禧等人雖然昏暴，欺國虐民，但光緒卻是個聖明皇帝。他並且說，後黨秉政的局勢不久就會改變。康有為在這封信中以庸俗進化論為依據，博引旁征、洋洋萬言地論述了他的保皇理論。
他強烈反對用革命手段推翻清朝統治的作法，並羅列了中國不能進行革命的四個理由：壹曰革命殘酷，二曰國情特殊，三曰革命必然招致外國幹涉，四曰皇帝聖仁。他又攻擊革命派的反滿口號是無的放矢，“大怪不可解”，因為他覺得滿漢早已平等。因此他作出結論說：立憲容易，革命困難，立憲有利，革命有害；只可以立憲，而不可革命。由於康有為在海內外名氣很大，他的這些保皇言論具有很大的欺騙性。他的門生信徒又把這些言論編印成冊，廣為散發。這封信在思想輿論戰線上嚴重混淆了人們的視聽，阻礙了資產階級革命的發展。為了駁斥康有為的謬論，澄清人們的思想，同時宣傳革命主張，章太炎在光緒二十九年上半年寫了壹封致康有為的公開信，即著名的《駁康有為論革命書》。
這封公開信寫好之後，章太炎曾請人帶到香港轉交康有為，結果未能帶到。六月，《駁康有為論革命書》與鄒容的《革命軍》“同時刊行，不及壹月，數千冊銷行殆盡”，在海內外引起巨大反響。當時上海倡議革命的進步報紙《蘇報》相繼發表了壹系列有關的評介文章，為之聲揚。
《蘇報》原是壹家很平庸的小報，創辦於光緒二十二年。光緒二十五年，該報的所有權被湖南舉人陳範購買後，面貌略有起色。但陳範本是壹名變法改良派，他利用報紙來宣傳變法，雖然刊登了壹些政論性文章，但社會影響並不大。直到南洋公學大風潮發生，《蘇報》開辟“學界風潮”欄目，及時反映學潮，以此為契機，《蘇報》才柳暗花明，逐漸成為愛國學社的喉舌，並組織起了壹支以蔡元培、章太炎、吳稚暉、章士釗等激進的民族主義者為核心的作者和編輯隊伍。於是報紙顯得銳氣英發，為全國學界所註目，儼然成為號召學潮的旗手。從光緒二十五年（公元1903年）章士釗擔任《蘇報》主筆後，《蘇報》發生了根本性的變化，它在國內眾多的報刊中獨樹壹職，首先吹響了革命排滿的號角。這之後壹個多月的時間裏，《蘇報》排滿革命的議論，如同潮水般宣泄而出，其中反響最為強烈的，莫過於關於鄒容所著《革命軍》的評價和章太炎《駁康有為論革命書》的摘錄。
早在五月二十五日，《蘇報》即刊出書介壹則，向讀者推薦章太炎“駁康有為論革命書”說：“康有為最近《政見書》力主立憲，議論荒謬。余杭章炳麟移書駁之，持矛刺盾，義正詞嚴。凡我漢種，允置家置壹編，以作警鐘棒喝。”六月二十九日，《蘇報》以《康有為與覺羅君之關系》為標題，摘錄發表《駁康有為論革命書》。文中點名直斥當朝光緒皇帝為“載湉小醜，不辨菽麥。”這八個字石破天驚，中外震動。清政府氣急敗壞，惱羞成怒，欲把章太炎、鄒容等人置之死地而後快。五月二十五日兩江總督魏光燾即向清廷報告：“有《蘇報》刊布謬說，而鄒容所作《革命軍》壹書，章炳麟為之序，尤肆無忌憚”，經外交部呈慈禧太後閱覽，命魏光燾立即嚴密查辦，逮捕人犯。
閏五月六日，上海公***租界巡捕房應兩江總督魏光燾、江蘇巡撫恩壽之請，逮捕了章太炎。次日，鄒容主動投案。接著《蘇報》很快被查封。這樣就引發了清朝的最後壹樁文字獄案——《蘇報案》。
自文網苛密的乾隆朝以後，文字獄案寥若晨星。道光、鹹豐、同治各朝均無文字獄記載，《蘇報》案可說是有清壹代文字獄的最後壹幕。在案發之前，慈禧太後還夢想著仿效康熙、乾隆朝文字獄案的處理方法，計劃著迅速撲殺革命火種，“壹日逮上海，二日發蘇州，三日解南京，四日檻京師”，而後淩遲處死，殺壹儆百。但事情的發展卻出乎清廷的意料。由於西方各國領事館的阻力，清廷遇到了前所未有的麻煩。
由於《蘇報》報館設在英租界內，清政府入租界捕人，必須事先征得外國領事的同意。因此當逮捕《蘇報》館主、主筆及章太炎、鄒容的諭旨下達江蘇督撫之時，他們不得不與上海的外國領事團交涉，請求簽發拘票捕人，但各國領事為了維護租界治權，堅持不允。後來經過雙方談判，此案定為“租界之案”，清政府無權將有關案犯解出租界獨立審判，只能由設在租界的“會審公廨”來審理此案。清政府委托洋人律師指控《蘇報》“汙蔑今上，挑詆政府”，指控章太炎、鄒容“大逆不道，謀為不軌。”
十月十五日，該案移至“額外公堂”，由上海縣會同會審委員、英陪審官審訊。這期間清政府壹面聘請洋律師作為訴訟壹方與章、鄒等人打官司，壹面又與外國領事團暗中交涉“移送人犯”，但未能成功。“額外公堂”開審後，上海縣企圖不顧英國防審官的反對，獨立作出判決，將章、鄒二人俱科以永遠監禁之罪。壹時之間社會輿論嘩然。上海的外國領事團亦不承認該判決，並且照會上海縣，要求再審壹次，否則將該二犯釋放。清廷不敢違拗洋人旨意，只好委曲求全地下令上海縣按照洋人意思從寬辦結。這樣在經過清政府與外國領事團長達半年的“討價還價”之後，“額外公堂”於光緒三十年（公元1904年）五月作出最後判決：章太炎監禁三年，鄒容二年，罰作苦工，從上年到案三日起算，限滿釋放，驅逐出境。這樣，沸沸揚揚、枝節橫生的《蘇報》案才告終結。
在這起清末最大的文字獄中，清政府費盡九牛二虎之力，威風掃地，終未能實現自己企圖將章、鄒迅速斬決的如意算盤，而革命黨的聲勢和影響在這次審判後卻越來越大。可見血腥的文字獄伴同專制的清朝壹起在走向它們的末日，民主的曙光已經出現在中國的大地上。
《蘇報案》判決之後，章太炎和鄒容被正式監禁，身陷囹圄。但二人仍然胸懷鬥誌，心憂天下。但鄒容終因不堪獄中折磨，於光緒三十壹年（公元1905年）二月病逝獄中。鄒容死後，租界迫於輿論壓力，章太炎的生活得到了壹些改善。光緒三十二年（公元1906年）五月，章太炎三年監禁期滿，出獄當晚即乘坐壹艘日本郵船，東渡日本。五年之後，辛亥革命爆發，清朝滅亡。
《駁康有為論革命書》是壹篇膾炙人口、傳頌不衰的反清革命檄文。在這篇氣勢磅礴、筆鋒犀利的長文中，章太炎站在鮮明的民主主義立場上，逐條駁斥了康有為的改良謬說。章太炎首先列舉了滿清王朝壓迫漢族的歷史，指出從清初的“揚州十日”，“嘉定三屠”，屢興不廢的文字獄，直到清末戊戌政變，殘殺維新黨人，這壹系列壓迫漢人的罪行都表明滿為主，漢為奴，並不存在什麽康有為所說的“滿漢平等”。其次，章太炎又駁斥了康有為稱頌光緒“聖仁英武”的觀點。他說，“載湉小醜，不辨菽麥”，因為害怕慈禧太後廢置自己，才鋌而走險，贊助變法。即使光緒在西太後死後，做起名副其實的皇帝，到那時他也必定是個殘殺維新黨人的獨裁暴君。
此外，章太炎還痛斥了光緒皇帝享有“天命”的無稽之談，他嚴正指出：“撥亂反正，不在天命之有無，而在人才之難易”。同時，章太炎在《駁康有為論革命書》中又正面回答了革命必須流血的問題。他批駁了康有為等保皇黨人所謂的立憲可以避免流血，通過“清”來實現的天真夢想，指出革命是免不了要流血的，但“立憲”更要流血。最後，章太炎針對康有為信中所謂中國國情特殊，“公理未明，舊俗俱在”，不能革命的謬論，進行了有力的駁斥。他義正辭嚴地指出：“公理之未明，即以革命明之，舊俗之俱在，即以革命去之，革命非天雄大黃之猛劑，而實補瀉兼備之良藥矣。”
《駁康有為論革命書》是清末壹篇歌頌反滿革命的奇文。章太炎在這篇文章中，旁征博引、觀點鮮明地進行論述，因而整篇文章顯得條理縝密，內容豐富。同時，這篇文章又具有強烈的感染力，作者在字裏行間註入了自己充沛的感情。總之，《駁康有為論革命書》是光緒二十九年（1903年）以前革命思想發展的理論總結，同時它又吹響了鼓舞革命誌士繼續前進的號角，對以後資產階級革命運動的發展起到了很大的理論影響作用。