這類機構通常是由民間私人發起設立，在政府登記為非營利組織。這些機構的運作資金通常是來自社會私人或其他慈善基金、企業的捐款，也有少數私人機構用自己的私有資金運作。所有這類組織的宗旨都是保護動物，改善動物生存福利。本文主要介紹SPCA的運作。
很多國家都設有SPCA組織，SPCA最初也是由民間保護動物人士發起設立的，該組織的設立宗旨就是預防和制止虐待動物。他們在各大城市都設有辦事機構、動物醫院和動物收容所。SPCA雖然是民間的非營利性動物保護組織，但他們成立和運作是有法律根據的，通常是依據《預防虐待動物法令》（各國有關保護動物的法令名稱不同）；SPCA組織不但照顧城市流浪動物，還根據政府的授權承擔動物保護的執法職能，當有虐待動物的案件發生，他們可以依法進行調查。
當虐待動物的行為嚴重到犯罪的程度，當地警察就會介入，SPCA會配合警察進行調查，如果需要司法程序解決，SPCA會承擔公訴人的角色。SPCA在動物保護立法和修改法令的活動中也起到十分重要的作用，提出建設性的意見。
SPCA的機構通常有：國家級、省（州）級行政機構，地方機構，包括：行政辦公室，執法部門，動物醫院，動物收容所。
SPCA組織的資金來源主要是：1，直接向社會募捐，包括企業、各種慈善基金會及個人。為了募集到足夠的資金，機構設有集資部門，長年從事募集資金的工作。2，通過組織壹些社會性活動來募集資金，比如每年定期或結合大型節日，在社區、商城裏舉行動物展覽，動物遊行，讓公眾了解該組織及為動物所作的工作，以此方式募集資金；3，通過自我運作產生壹定效益，比如SPCA附設有動物醫院，醫院產生的收益全部用於支持協會的運作和動物收容所。另外動物收容所在人們領養動物時要收取壹定費用，這也構成協會收入的來源，還有發行雜誌等。4，政府合同。很多SPCA的地方機構與當地政府簽訂合同，負責照顧該城市的流浪動物，政府則支付壹定費用。各地的機構在經濟上是獨立運作的，也就是說，如果不能成功地募集到足夠的資金就得關門。
在以上所有經費來源中，募捐和政府合同是最主要的資金來源。
募捐實際分為實物和現金。俗話說有錢出錢，沒錢出力。實物捐助也是包羅萬象：包括動物食品，玩具，被褥，籠舍，工具，用品，甚至當需要時捐助建材等等。壹句話，只要是需要的用品，壹律來者不拒。誌願者實際上也是壹種捐助，是捐出自己的時間和精力。
由於SPCA是非營利機構，並且其資金主要來源於社會捐款，所以機構的設置力求短小精悍，日常的大量工作都由誌願者承擔，通常行政辦公室設專人常年招聘誌願者，為誌願者提供必要的培訓，誌願者本身的管理和協調也有誌願者承擔。誌願者的工作涉及到SPCA的全部工作，包括：募捐，組織活動，展覽，日常文檔處理，網站維護，收容所的動物照顧，醫院照顧生病動物等等。可以說，誌願者在SPCA的日常工作中起到了非常重要的作用，功不可沒。所以每年SPCA都會開會表彰貢獻突出的誌願者。
動物收容所在SPCA的全部工作中占了很大的比重。通常動物收容所對送來的、撿來的動物壹律來者不拒，收容所會詢問主人放棄動物的原因，但通常不會拒絕接收動物。被拋棄動物的原因有很多種，比較常見的有：老年人死去，伴侶動物失去主人無人照顧；老年人生病，無力再照顧伴侶動物；主人遷居，無法帶著動物；主人搬入不允許養動物的公寓；動物走失；因主人虐待動物，動物被SPCA沒收等待別人收養；動物被主人遺棄；因各種原因主人不再喜歡動物而將其送入收容所等待別人收養等等。
收容所對各種來源的動物壹律先做身體檢查，沒做絕育手術的壹律先做手術，對有病的先做治療，然後在條件許可的情況下，送到寄養家庭寄養壹段時間，旨在觀察該動物的習性，或校正不好的習慣，然後在網站上發布該動物的資料，包括習慣特點等等，等待收養。動物收容所收容動物的目的是為被拋棄的或流浪動物尋找壹個新的家庭，使之能夠有比較好的生存條件和環境。動物收容所的條件再好，終究無法做到像壹個家庭那樣寵愛動物，因為動物不僅僅需要食物，還需要人的愛撫，觸摸，玩耍，需要感情的交流。而收容所由於空間有限，通常都是把動物關在籠子裏，所以收容所只是為動物提供壹個臨時棲息所。改善動物待遇的根本辦法還是為動物尋找壹個好的家庭。
收容所除了照顧收留的動物，另壹個重要的工作就是為動物尋找收養家庭。每個收養家庭都有記錄，如果收養家庭遺棄了收養動物，就失去了再領養動物的資格。收容所有專人負責跟蹤了解被收養動物的情況，確保動物得到了應該得到的待遇。