主要區別是，性質不同、原理不同、應用不同，具體如下：
壹、性質不同
1、混凝沈澱
是給排水中沈澱池的壹種。混凝過程是工業用水和生活汙水處理中最基本也是極為重要的處理過程，通過向水中投加壹些藥劑（通常稱為混凝劑及助凝劑），使水中難以沈澱的顆粒能互相聚合而形成膠體，然後與水體中的雜質結合形成更大的絮凝體。
2、絮凝沈澱
絮凝沈澱是顆粒物在水中作絮凝沈澱的過程。在水中投加混凝劑後，其中懸浮物的膠體及分散顆粒在分子力的相互作用下生成絮狀體且在沈降過程中它們互相碰撞凝聚，其尺寸和質量不斷變大，沈速不斷增加。
二、原理不同
1、混凝沈澱
在混凝劑的作用下，使廢水中的膠體和細微懸浮物凝聚成絮凝體，然後予以分離除去的水處理法。混凝沈澱法在水處理中的應用是非常廣泛的，它既可以降低原水的濁度、色度等水質的感觀指標，又可以去除多種有毒有害汙染物。
2、絮凝沈澱
選用無機絮凝劑和有機陰離子配制成水溶液加入廢水中，便會產生壓縮雙電層，使廢水中的懸浮微粒失去穩定性，膠粒物相互凝聚使微粒增大，形成絮凝體、礬花。絮凝體長大到壹定體積後即在重力作用下脫離水相沈澱，從而去除廢水中的大量懸浮物，從而達到水處理的效果。
三、應用不同
混凝沈澱
①、城市給排水凈化：河流水、水庫水、地下水。
②、工業給水凈化。
③、城市汙水處理。
④、工業廢水和廢渣中有用物質的回收、促進洗煤廢水中煤粉的沈降、澱粉制造業中澱粉的回收等。
2、絮凝沈澱
①、絮凝沈澱去除水中致病微生物：由於消毒藥劑不能經常保證可靠地對水消毒，所以絮凝沈澱成了補充消毒的重要方法。雖然絮凝沈澱不能殺滅水中的致病微生物，但是，如果它能把水中大部分致病微生物凝聚起來，隨同各種懸濁物沈澱下去，然後再對清水進行消毒，則消毒效果顯然會獲得提高。
②、絮凝沈澱去除水中放射性物質：如果放射性物質被吸附在機械雜質上或者本身處於膠體分散狀態，則放射性可被有效地消除。在這種情況下，水的澄清度決定了放射性物質的回收程度。對於放射性物質的真溶液，絮凝沈澱的去除效果相當小。然而，在被處理水中存在分散雜質，或人工使水渾濁時，對許多同位素都可能得到良好的效果。
百度百科-混凝沈澱池
百度百科-絮凝沈澱