1、考核不同。住院醫師：取得《醫師資格證書》且培訓過程考核合格者，可根據省級衛生計生行政部門公布的結業考核有關安排，申請參加結業考核。專科醫師：參加培訓的人員在培訓期間要通過基地組織的培訓過程考核，培訓結束後要按照規定參加全國統壹的結業理論考試和臨床實踐能力考核。按要求完成培訓並通過結業考核者頒發國家統壹制式的《專科醫師規範化培訓合格證書》，並作為從事專科醫師工作的重要條件。
2、待遇不同。住院醫師。培訓對象是培訓基地住院醫師隊伍的壹部分，應遵守培訓基地的有關管理規定，並依照規定享受相關待遇。專科醫師。規範培訓人員管理與待遇。參加專科醫師規範化培訓的人員是培訓基地臨床醫師隊伍的壹部分，應遵守培訓基地的有關管理規定，並依照規定享受同級同類人員相關待遇。