菌種保藏是指保持微生物菌株的生活力和遺傳性狀的技術。目的在於把從自然界分離到的野生型，或經人工選育得到的變異型純種，使其存活、不丟失、不汙染雜菌、不發生或少發生變異，保持菌種原有的各種特征和生理活性。
基本原理是使微生物的生命活動處於半永久性的休眠狀態，也就是使微生物的新陳代謝作用限制在最低範圍內。幹燥、低溫和隔絕空氣是保證獲得這種狀態的主要措施。有針對性地創造幹燥、低溫和隔絕空氣的外界條件，就是微生物菌種保藏的基本技術。
常用的方法有凍幹保藏法、深低溫保藏法、液氮保藏法、礦油封藏法、固體曲保藏法、砂土管保藏法、瓊脂穿刺保藏法等。日常工作中，常選用4℃冰箱進行短時間的菌種保藏。
低溫主要對菌種產生兩方面的影響，首先，較低的溫度可以減緩機體細胞的酶活，降低新陳代謝，達到保藏菌種的目的。其次，低溫同時會導致菌體誘發菌絲自溶機制，如果降溫過程失誤，同樣會造成機體的機械損傷和溶質損傷。
微生物具有容易變異的特性，因此，在保藏過程中，必須使微生物的代謝處於最不活躍或相對靜止的狀態，才能在壹定的時間內使其不發生變異而又保持生活能力。
低溫、幹燥和隔絕空氣是使微生物代謝能力降低的重要因素，所以，菌種保藏方法雖多，但都是根據這三個因素而設計的。