電視劇《樹大根深》展示《訓民正音》創造過程中，人們不曾了解的背景、反對派所持的理由以及世宗與百姓對《訓民正音》有怎樣的想法。焦慮孤獨的王、被復仇蒙蔽的奴婢、把朝鮮建國理念當做自己使命的士大夫以及無意中成為訓民正音中心的宮女，通過這四個人之間憐憫、信賴及對決展開的故事。原著小說中本是連環殺人事件的推理型態，在電視劇中弱化推理調查要素，著重於世宗壹派和密本間的鬥爭。
《訓民正音》頒布之前七天時間裏，朝鮮王宮，景福宮內接連發生了集賢殿學士被殺事件，殘酷殺人事件中蘊藏著冒死進行改革計劃，以及保守勢力阻撓改革龐大陰謀。1448年，秋集賢殿青年學士張成秀屍體被發現於景福宮後院洌上真源井中，線索只有死者留下畫謎和刻身上文身，以及遭受詛咒禁書。破案之前相繼發生了第二、第三起殺人案件，事件越來越復雜，負責偵破案件宮闕守備軍姜采允，逐漸發現了隱藏王宮之中，巨大時代真實年輕學者，希望開辟新時代保守勢力從中作梗，兇險陰謀遍布於景福宮每個角落 。