壹、概念不同：
外毒素（exotoxin）是細菌毒素的壹種。是某些細菌在生長繁殖過程中，分泌到菌體外的壹種對機體有害的毒性物質。按其對細胞的親和性及作用方式不同，可分為細胞毒、神經毒及腸毒素三大類。
內毒素是革蘭氏陰性菌，（如傷寒桿菌，結核桿菌，痢疾桿菌等）的菌體中存在的毒性物質的總稱。是多種革蘭氏陰性菌的細胞壁成分，由菌體裂解後釋出的毒素，又稱之為“熱原”。單位Eu/ml。
二、化學組成主要成分不同：
外毒素主要成分為蛋白質（分子量27，000～900，000）；
內毒素主要成分為磷脂壹多糖壹蛋白質復合物（毒性主要為類脂A）。
三、存在部位不同：
外毒素由活的細菌釋放至細菌體外；
內毒素為細菌細胞壁結構成份，菌體崩解後釋出。
四、細菌種類不同：
外毒素以革蘭氏陽性菌多見，多數革蘭氏陽性菌，少數革蘭氏陰性菌；
內毒素以革蘭氏陰性菌多見，多數革蘭氏陰性菌，少數為革蘭氏陽性（如蘇雲金芽孢桿菌）。
五、毒性作用不同：
外毒素毒性強，微量對實驗動物有致死作用（以ug計量）。各種外毒素有選擇作用，引起特殊病變，不引起宿主發熱反應。抑制蛋白質合成，有細胞毒性、神經毒性、紊亂水鹽代謝等；
內毒素毒性稍弱，對實驗動物致死作用的量比外毒素為大。各種細菌內素的毒性作用大致相同。引起發熱、彌漫性血管內凝血、粒細胞減少血癥、施瓦茲曼現象等。
六、穩定性不同：
外毒素不穩定，60℃以上能迅速破壞；
內毒素耐熱，60℃耐受數小時。
七、免疫抗原性不同：
外毒素強，刺激宿主產生抗毒素；
內毒素較弱，甲醛液處理後不形成類毒素。
八、處理方式不同：
外毒素特定抗生素治療為主；
內毒素消炎藥物、抗氧化劑治療為主。
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